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- PDB-4hl8: Re-refinement of the vault ribonucleoprotein particle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hl8
タイトルRe-refinement of the vault ribonucleoprotein particle
要素Major vault protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / 9 repeat domains / protein-protein complex / ribonucleoprotein (核タンパク質) / cytoplasmic (細胞質)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein activation cascade / negative regulation of protein autophosphorylation / ERBB signaling pathway / Neutrophil degranulation / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein phosphatase binding / cell population proliferation / 細胞骨格 / ribonucleoprotein complex / protein kinase binding ...protein activation cascade / negative regulation of protein autophosphorylation / ERBB signaling pathway / Neutrophil degranulation / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein phosphatase binding / cell population proliferation / 細胞骨格 / ribonucleoprotein complex / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Major vault protein, N-terminal / Major vault protein, shoulder domain / Major vault protein / Major vault protein repeat domain 3 / Major vault protein repeat domain 2 / Major vault protein repeat domain 4 / Major vault protein repeat domain / Major vault protein repeat domain superfamily / Major vault protein repeat domain 2 superfamily / Major Vault Protein repeat domain ...Major vault protein, N-terminal / Major vault protein, shoulder domain / Major vault protein / Major vault protein repeat domain 3 / Major vault protein repeat domain 2 / Major vault protein repeat domain 4 / Major vault protein repeat domain / Major vault protein repeat domain superfamily / Major vault protein repeat domain 2 superfamily / Major Vault Protein repeat domain / Shoulder domain / Major Vault Protein repeat domain / Major Vault Protein Repeat domain / Major Vault Protein repeat domain / MVP (vault) repeat profile. / Band 7/SPFH domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Major vault protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Casanas, A. / Querol-Audi, J. / Guerra, P. / Pous, J. / Tanaka, H. / Tsukihara, T. / Verdaguer, V. / Fita, I.
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: The structure of rat liver vault at 3.5 angstrom resolution.
著者: Tanaka, H. / Kato, K. / Yamashita, E. / Sumizawa, T. / Zhou, Y. / Yao, M. / Iwasaki, K. / Yoshimura, M. / Tsukihara, T.
履歴
登録2012年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
Remark 0THIS ENTRY 4HL8 REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA R2ZUOSF DETERMINED ...THIS ENTRY 4HL8 REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA R2ZUOSF DETERMINED BY AUTHORS OF THE PDB ENTRY 2ZUO: H. TANAKA, K. KATO, E. YAMASHITA, T. SUMIZAWA, Y. ZHOU, M. YAO, K. IWASAKI, M. YOSHIMURA, T. TSUKIHARA
Remark 200AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 2ZUO.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major vault protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,9201
ポリマ－95,9201
非ポリマー00
水0
1
A: Major vault protein
x 39


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,740,88439
ポリマ－3,740,88439
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation38
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
4
A: Major vault protein
x 39


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 3.74 MDa, 39 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,740,88439
ポリマ－3,740,88439
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation38
単位格子
Length a, b, c (Å)702.246, 383.796, 598.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C39 (39回回転対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.988542, 0.150889, 0.004134), (-0.150891, 0.98705, 0.054443), (0.004134, -0.054442, 0.998508)
3generate(0.954464, 0.297871, 0.01643), (-0.297874, 0.948536, 0.107475), (0.01643, -0.107474, 0.994072)
4generate(0.89865, 0.437137, 0.036568), (-0.437142, 0.885456, 0.157724), (0.036568, -0.157722, 0.986806)
5generate(0.822544, 0.565082, 0.064027), (-0.565088, 0.799443, 0.203888), (0.064027, -0.203886, 0.976898)
6generate(0.728118, 0.678392, 0.098097), (-0.678399, 0.692724, 0.244772), (0.098097, -0.244769, 0.964606)
7generate(0.617818, 0.774132, 0.137894), (-0.77414, 0.568065, 0.279316), (0.137894, -0.279312, 0.950247)
8generate(0.4945, 0.849822, 0.182388), (-0.849831, 0.428693, 0.306625), (0.182388, -0.306622, 0.934193)
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14generate(-0.32722, 0.814618, 0.478871), (-0.814627, -0.5, 0.293924), (0.478871, -0.29392, 0.82722)
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18generate(-0.698823, 0.368699, 0.612948), (-0.368703, -0.919979, 0.133031), (0.612948, -0.13303, 0.778844)
19generate(-0.743915, 0.22511, 0.629218), (-0.225112, -0.970942, 0.081222), (0.629218, -0.081221, 0.772973)
20generate(-0.766757, 0.07569, 0.637459), (-0.075691, -0.996757, 0.02731), (0.637459, -0.02731, 0.77)
21generate(-0.766757, -0.07569, 0.637459), (0.075691, -0.996757, -0.02731), (0.637459, 0.02731, 0.77)
22generate(-0.743915, -0.22511, 0.629218), (0.225112, -0.970942, -0.081222), (0.629218, 0.081221, 0.772973)
23generate(-0.698823, -0.368699, 0.612948), (0.368703, -0.919979, -0.133031), (0.612948, 0.13303, 0.778844)
24generate(-0.632649, -0.50274, 0.589072), (0.502745, -0.84519, -0.181394), (0.589072, 0.181392, 0.787458)
25generate(-0.547105, -0.62376, 0.558207), (0.623767, -0.748511, -0.22506), (0.558207, 0.225057, 0.798595)
26generate(-0.444409, -0.728624, 0.521154), (0.728632, -0.632445, -0.262896), (0.521154, 0.262893, 0.811964)
27generate(-0.32722, -0.814618, 0.478871), (0.814627, -0.5, -0.293924), (0.478871, 0.29392, 0.82722)
28generate(-0.198572, -0.879514, 0.432454), (0.879523, -0.354605, -0.317339), (0.432454, 0.317335, 0.843967)
29generate(-0.061798, -0.92163, 0.383105), (0.92164, -0.200026, -0.332535), (0.383105, 0.332531, 0.861773)
30generate(0.079559, -0.939877, 0.332102), (0.939887, -0.040266, -0.339118), (0.332102, 0.339115, 0.880175)
31generate(0.221839, -0.933782, 0.280766), (0.933792, 0.120537, -0.336919), (0.280766, 0.336915, 0.898697)
32generate(0.361357, -0.903502, 0.230427), (0.903512, 0.278217, -0.325994), (0.230427, 0.32599, 0.91686)
33generate(0.4945, -0.849822, 0.182388), (0.849831, 0.428693, -0.306625), (0.182388, 0.306622, 0.934193)
34generate(0.617818, -0.774131, 0.137894), (0.77414, 0.568065, -0.279315), (0.137894, 0.279312, 0.950247)
35generate(0.728118, -0.678392, 0.098097), (0.678399, 0.692724, -0.244772), (0.098097, 0.244769, 0.964606)
36generate(0.822544, -0.565082, 0.064027), (0.565088, 0.799443, -0.203888), (0.064027, 0.203886, 0.976898)
37generate(0.89865, -0.437137, 0.036568), (0.437142, 0.885456, -0.157724), (0.036568, 0.157722, 0.986806)
38generate(0.954464, -0.29787, 0.01643), (0.297874, 0.948537, -0.107475), (0.01643, 0.107474, 0.994072)
39generate(0.988542, -0.150889, 0.004134), (0.150891, 0.98705, -0.054443), (0.004134, 0.054442, 0.998508)

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要素

#1: タンパク質 Major vault protein / / MVP


分子量: 95920.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q62667

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.4% PEG 4000, 0.8M sodium chloride, 0.05M lithium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月24日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→204 Å / Num. all: 1630860 / Num. obs: 1531361 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.2 / Rmerge(I) obs: 0.233 / Rsym value: 0.209 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 3.5→3.69 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Rsym value: 0.93 / % possible all: 81.2

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解析

ソフトウェア名称: CNS / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→200 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.354 6961 RANDOM
Rwork0.352 --
all0.352 1531361 -
obs0.352 1531361 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→200 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6157 0 0 0 6157
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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