[日本語] English
万見
- PDB-4hkj: Structure of Cowpox CPXV203 in complex with MHCI (H-2Kb) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hkj
タイトルStructure of Cowpox CPXV203 in complex with MHCI (H-2Kb)
要素
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • CPXV203 protein
  • H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
  • Ovalbuminオボアルブミン
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN (免疫系) / viral immune evasion proteins / antigen presentation (抗原提示) / structural genomics (構造ゲノミクス) / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / inhibitor (酵素阻害剤) / intracellular / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular amino acid homeostasis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / ファゴリソソーム / monoatomic ion homeostasis / response to steroid hormone / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / embryo development ending in birth or egg hatching / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway ...intracellular amino acid homeostasis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / ファゴリソソーム / monoatomic ion homeostasis / response to steroid hormone / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / embryo development ending in birth or egg hatching / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / response to corticosterone / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / monoatomic ion transport / phagocytic vesicle / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / response to progesterone / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / response to estrogen / recycling endosome membrane / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / protease binding / vesicle / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to bacterium / 免疫応答 / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 小胞体 / ゴルジ体 / signaling receptor binding / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding
類似検索 - 分子機能
Viral Chemokine Inhibitor; Chain A - #30 / Poxvirus T4 protein, C-terminal / Poxvirus T4 protein, N-terminal / Apoptosis regulator, M-T4, endoplasmic reticulum / Apoptosis regulator, M-T4 superfamily / Poxvirus T4 protein, C terminus / Poxvirus T4 protein, N terminus / Viral Chemokine Inhibitor; Chain A / Serpin, conserved site / Serpins signature. ...Viral Chemokine Inhibitor; Chain A - #30 / Poxvirus T4 protein, C-terminal / Poxvirus T4 protein, N-terminal / Apoptosis regulator, M-T4, endoplasmic reticulum / Apoptosis regulator, M-T4 superfamily / Poxvirus T4 protein, C terminus / Poxvirus T4 protein, N terminus / Viral Chemokine Inhibitor; Chain A / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / セルピン / Serpin domain / セルピン / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
オボアルブミン / H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / Β2-ミクログロブリン / CPXV203 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
Cowpox virus (牛痘ウイルス)
Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, 分子置換 / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者McCoy IV, W.H. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural Mechanism of ER Retrieval of MHC Class I by Cowpox.
著者: McCoy, W.H. / Wang, X. / Yokoyama, W.M. / Hansen, T.H. / Fremont, D.H.
履歴
登録2012年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月19日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Ovalbumin
D: CPXV203 protein
E: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
G: Ovalbumin
H: CPXV203 protein
I: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
J: Beta-2-microglobulin
K: Ovalbumin
L: CPXV203 protein
M: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
N: Beta-2-microglobulin
O: Ovalbumin
P: CPXV203 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,98716
ポリマ－275,98716
非ポリマー00
水1,29772
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Ovalbumin
D: CPXV203 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9974
ポリマ－68,9974
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7730 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area27310 Å2
手法PISA
2
E: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
G: Ovalbumin
H: CPXV203 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9974
ポリマ－68,9974
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7710 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area27360 Å2
手法PISA
3
I: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
J: Beta-2-microglobulin
K: Ovalbumin
L: CPXV203 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9974
ポリマ－68,9974
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7680 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area27340 Å2
手法PISA
4
M: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
N: Beta-2-microglobulin
O: Ovalbumin
P: CPXV203 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9974
ポリマ－68,9974
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7740 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area27300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.31, 88.25, 106.42
Angle α, β, γ (deg.)76.18, 69.29, 66.69
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 1:277 )
21chain E and (resseq 1:277 )
31chain I and (resseq 1:277 )
41chain M and (resseq 1:277 )
12chain D and (resseq 5:190 )
22chain H and (resseq 5:190 )
32chain L and (resseq 5:190 )
42chain P and (resseq 5:190 )
13chain B and (resseq 0:99 )
23chain F and (resseq 0:99 )
33chain J and (resseq 0:99 )
43chain N and (resseq 0:99 )
14chain C and (resseq 1:8 )
24chain G and (resseq 1:8 )
34chain K and (resseq 1:8 )
44chain O and (resseq 1:8 )

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYPROPROchain 'A' and (resseq 1:277 )AA1 - 2771 - 277
21GLYGLYPROPROchain 'E' and (resseq 1:277 )EE1 - 2771 - 277
31GLYGLYPROPROchain 'I' and (resseq 1:277 )II1 - 2771 - 277
41GLYGLYPROPROchain 'M' and (resseq 1:277 )MM1 - 2771 - 277
12ARGARGARGARGchain 'D' and (resseq 5:190 )DD5 - 1906 - 191
22ARGARGARGARGchain 'H' and (resseq 5:190 )HH5 - 1906 - 191
32ARGARGARGARGchain 'L' and (resseq 5:190 )LL5 - 1906 - 191
42ARGARGARGARGchain 'P' and (resseq 5:190 )PP5 - 1906 - 191
13METMETMETMETchain 'B' and (resseq 0:99 )BB0 - 991 - 100
23METMETMETMETchain 'F' and (resseq 0:99 )FF0 - 991 - 100
33METMETMETMETchain 'J' and (resseq 0:99 )JJ0 - 991 - 100
43METMETMETMETchain 'N' and (resseq 0:99 )NN0 - 991 - 100
14SERSERLEULEUchain 'C' and (resseq 1:8 )CC1 - 81 - 8
24SERSERLEULEUchain 'G' and (resseq 1:8 )GG1 - 81 - 8
34SERSERLEULEUchain 'K' and (resseq 1:8 )KK1 - 81 - 8
44SERSERLEULEUchain 'O' and (resseq 1:8 )OO1 - 81 - 8

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999943, -0.010689, -0.000431), (0.010654, -0.998721, 0.04942), (-0.000959, 0.049413, 0.998778)-1.98889, 6.00673, -0.261628
2given(-0.402409, -0.915458, -0.001919), (-0.914311, 0.402008, -0.049237), (0.045846, -0.018059, -0.998785)-36.596901, -9.47167, -56.515999
3given(0.398668, 0.91701, 0.012516), (0.917093, -0.398661, -0.003213), (0.002043, 0.012759, -0.999917)34.633598, 12.8478, -56.3442
4given(-0.999977, -0.006619, -0.001104), (0.006564, -0.998994, 0.044359), (-0.001396, 0.044351, 0.999015)-1.89813, 5.65823, -0.273655
5given(-0.399154, -0.916882, -0.001687), (-0.916071, 0.398877, -0.041366), (0.038601, -0.014966, -0.999143)-36.512501, -9.76068, -56.596001
6given(0.398647, 0.917095, 0.004267), (0.917088, -0.398607, -0.007873), (-0.005519, 0.007052, -0.99996)34.635201, 12.9628, -56.530499
7given(-0.999898, -0.011552, -0.008399), (0.01122, -0.999195, 0.038506), (-0.008837, 0.038408, 0.999223)-2.40128, 5.38897, -0.493067
8given(-0.403126, -0.915138, 0.00347), (-0.914245, 0.402559, -0.045843), (0.040556, -0.021653, -0.998943)-36.584099, -9.45763, -56.889599
9given(0.394744, 0.918733, 0.010334), (0.918789, -0.394694, -0.006582), (-0.001968, 0.012093, -0.999925)34.598598, 12.8839, -56.445202
10given(-0.999933, -0.010359, -0.00508), (0.010099, -0.998758, 0.048796), (-0.005579, 0.048742, 0.998796)-2.3336, 5.96404, -0.346973
11given(-0.417026, -0.908866, -0.007223), (-0.907765, 0.41689, -0.046529), (0.0453, -0.012846, -0.998891)-36.596901, -8.45064, -56.154099
12given(0.382956, 0.923717, 0.009563), (0.923725, -0.383016, 0.005493), (0.008737, 0.00673, -0.999939)34.037201, 13.1624, -56.1264

-
要素

#1: タンパク質
H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / MHC class I H-2KB heavy chain / H-2K(B)


分子量: 32256.959 Da / 分子数: 4 / 断片: extracellular domain (UNP residues 22-301) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H-2KB, H2-K, H2-K1 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P01901
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, BETA-2 MICROGLOBULIN, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド
Ovalbumin / オボアルブミン / Allergen Gal d II / Egg albumin / Plakalbumin


分子量: 964.137 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 258-265 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P01012
#4: タンパク質
CPXV203 protein


分子量: 23896.361 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 17-221 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cowpox virus (牛痘ウイルス) / 株: Brighton Red / 遺伝子: CPXV203, CPXV203 CDS / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q8QMP2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.55
詳細: 10% PEG6000, 4% glucose, 2% ethylene glycol, 0.1 M tri-potassium citrate, 0.01% azide, pH 5.55, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.97909 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月10日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator 1: high-resolution double crystal sagittal focusing, Rosenbaum-Rock monochromator 2: double crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97909 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4.1 % / Av σ(I) over netI: 7.25 / 数: 198533 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Χ2: 1.04 / D res high: 3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 47950 / % possible obs: 87.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.455099.710.1071.0384.3
4.335.4592.410.1351.054
3.784.3383.610.1870.9974.1
3.433.7883.110.2771.0084.1
3.193.4383.810.3691.0644.2
33.1984.910.6221.064.2
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 47950 / Num. obs: 47882 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 70.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Χ2: 1.036 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3-3.194.20.6222.5577141.0684.9
3.19-3.434.20.369476291.06483.8
3.43-3.784.10.2774.1975481.00883.1
3.78-4.334.10.1875.9375840.99783.6
4.33-5.4540.1358.4784011.0592.4
5.45-504.30.10710.890741.03899.7

-
位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.95 Å71.74 Å
Translation2.95 Å71.74 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-IceICEデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CLZ

2clz


解像度: 3→49.36 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.47 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / σ(I): 1.96 / 位相誤差: 28.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 2394 5 %RANDOM
Rwork0.2295 ---
obs0.2307 47882 87.16 %-
all-47950 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.295 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 243.52 Å2 / Biso mean: 83.3211 Å2 / Biso min: 14.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.3931 Å21.0886 Å24.4702 Å2
2---3.7601 Å24.2764 Å2
3---7.1532 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18588 0 0 72 18660
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00219096
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53825840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0412720
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023360
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.6627060
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2255X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
12E2255X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
13I2255X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
14M2255X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
21D1489X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
22H1489X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
23L1489X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
24P1489X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
31B837X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
32F837X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
33J837X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
34N837X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
41C68X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
42G68X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
43K68X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
44O68X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
3-3.06130.38871220.350622442366224473
3.0613-3.12790.32551390.319826132752261385
3.1279-3.20060.37031380.289526312769263185
3.2006-3.28060.32071360.281726072743260784
3.2806-3.36930.28841340.268125312665253184
3.3693-3.46850.34781330.287725522685255283
3.4685-3.58040.281360.272525682704256883
3.5804-3.70830.27981340.296325402674254083
3.7083-3.85670.29011310.249725262657252683
3.8567-4.03220.27611340.257325182652251882
4.0322-4.24460.25061370.213925862723258684
4.2446-4.51040.21891350.198226382773263886
4.5104-4.85840.19281490.1928102959281091
4.8584-5.34680.22361540.194429553109295597
5.3468-6.11920.24171610.209530493210304999
6.1192-7.70490.25191610.2111305432153054100
7.7049-49.36690.20511600.1968306632263066100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.45820.1157-2.70522.87150.20665.8875-0.0495-0.9183-0.42540.4820.2432-0.21410.31730.7403-0.23430.46180.1025-0.17020.47780.01010.55421.5182-9.6231-48.3829
23.266-2.36750.13045.9635-0.50725.6540.1237-0.53730.91780.4171-0.1003-0.3021-0.83160.0578-0.03520.5952-0.0863-0.02590.661-0.37410.90878.167625.7786-46.2656
30.97610.66481.46914.36130.85282.9767-0.1301-0.8051.2640.40910.0634-0.6904-0.59770.55570.05120.5607-0.1927-0.05110.904-0.48011.211929.72217.6421-47.6419
42.0105-4.90782.00842.05482.30832.0106-0.3523-1.6548-1.2499-0.1110.41090.30241.55171.87830.02110.59010.17070.10740.6306-0.02670.930823.5674-16.3791-50.0576
54.55580.373-0.56964.0369-0.48123.40770.14740.29630.4628-0.3307-0.0278-0.1865-0.12930.1525-0.10510.3502-0.00390.05210.50020.00540.456415.657311.1008-72.32
64.9244-0.26011.66742.280.18626.3603-0.021-0.84330.20080.31870.2010.1308-0.3848-0.4483-0.19480.49260.02050.07990.41530.00760.3554-23.62612.9808-48.845
74.9044-2.30240.39858.87040.69476.35320.461-0.0907-0.90130.3298-0.262-0.15730.75180.5031-0.19580.43940.0743-0.02110.67210.23410.8014-9.9012-22.1283-44.975
81.74121.2408-1.25565.2681-0.33762.94640.0574-0.6994-0.88230.4519-0.09821.00790.636-0.41620.06520.4902-0.0773-0.01680.6790.26681.05-31.5659-14.4252-46.9102
99.4934-2.23012.00512.01991.01991.99350.4843-0.39350.75190.26130.8828-1.2726-2.8198-0.586-1.06431.1978-0.14790.02080.6044-0.00770.5414-25.847619.6241-50.8726
103.922-0.08360.42944.1004-1.19964.19920.03650.4408-0.724-0.43250.06030.10480.19550.0985-0.05930.3994-0.0074-0.10920.4821-0.15750.5754-17.4188-8.7487-71.7534
112.68880.32090.08425.1767-1.76175.2074-0.18580.3905-0.1683-1.14920.5078-0.28610.606-0.089-0.31530.6286-0.0933-0.06260.5397-0.17170.5289-22.8747-53.4096-8.2273
127.1544-3.5765-1.01465.46340.41457.28150.17260.38860.175-0.38040.17480.6929-0.7116-0.3296-0.39350.8863-0.1852-0.26560.5350.17480.8328-49.7733-26.9944-12.0593
135.0565-0.7350.5441.22070.36083.0259-0.17960.6535-0.3264-0.7550.11631.274-0.0272-0.41660.02910.7993-0.259-0.45490.70840.21121.1453-51.1305-49.9702-10.2502
142.0354.6469-8.9941.98581.99331.99940.21550.60520.6462-0.70670.4288-0.95711.86891.5351-0.51930.684-0.0103-0.09810.8806-0.04810.5366-17.6167-58.065-6.1555
154.25840.2548-0.37775.0695-0.69414.44760.0964-0.27220.18630.25660.08130.5662-0.1359-0.0986-0.20070.4091-0.07810.02860.40640.07760.4902-40.5414-39.277114.7596
162.66720.44531.28065.48522.62095.1293-0.01650.26040.236-1.08780.3236-0.0591-0.7059-0.0994-0.31520.56480.01790.10530.43990.11210.519-25.8203-2.9672-8.0526
174.2494-3.2573-0.04616.3217-0.46074.0912-0.25650.1811-0.5109-0.44620.3927-1.12790.49920.5093-0.07370.93330.01030.37890.5537-0.28371.2351.3282-29.2959-10.4506
183.4992-1.0124-0.3981.6371-0.37482.6921-0.070.52160.0722-0.76730.0913-1.8629-0.11940.6979-0.12860.7766-0.20560.55480.7167-0.35371.6562.4295-6.2519-8.8844
198.31710.44172.21852.03521.9922.00220.45430.1283-0.2679-0.601-0.7840.4527-2.5267-1.3520.20110.74140.00060.11110.5474-0.04930.4431-31.24471.6846-6.3309
203.0393-0.0221-0.31664.1610.40653.850.0488-0.1388-0.26810.30820.1313-0.72670.10360.1201-0.17520.4795-0.0487-0.10580.4873-0.1840.7525-9.1859-16.773615.7226
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:180)A1 - 180
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 181:277)A181 - 277
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resseq 0:99)B0 - 99
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resseq 1:8)C1 - 8
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resseq 5:190)D5 - 190
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'E' and (resseq 1:180)E1 - 180
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resseq 181:277)E181 - 277
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'F' and (resseq 0:99)F0 - 99
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'G' and (resseq 1:8)G1 - 8
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resseq 5:190)H5 - 190
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'I' and (resseq 1:180)I1 - 180
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'I' and (resseq 181:277)I181 - 277
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'J' and (resseq 0:99)J0 - 99
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'K' and (resseq 1:8)K1 - 8
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resseq 5:190)L5 - 190
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'M' and (resseq 1:180)M1 - 180
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'M' and (resseq 181:277)M181 - 277
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'N' and (resseq 0:99)N0 - 99
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'O' and (resseq 1:8)O1 - 8
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'P' and (resseq 5:190)P5 - 190

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る