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万見
- PDB-4hjr: Crystal structure of F2YRS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hjr
タイトルCrystal structure of F2YRS
要素Tyrosine-tRNA ligaseチロシンtRNAリガーゼ
キーワードLIGASE (リガーゼ) / AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE (アミノアシルtRNA合成酵素) / F2Y
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / チロシンtRNAリガーゼ / tyrosine-tRNA ligase activity / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-tRNA ligase, type 3 / Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / チロシンtRNAリガーゼ / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs ...Tyrosine-tRNA ligase, type 3 / Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / チロシンtRNAリガーゼ / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wang, J. / Tian, C. / Gong, W. / Li, F. / Shi, P. / Li, J. / Ding, W.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: A genetically encoded 19F NMR probe for tyrosine phosphorylation.
著者: Li, F. / Shi, P. / Li, J. / Yang, F. / Wang, T. / Zhang, W. / Gao, F. / Ding, W. / Li, D. / Li, J. / Xiong, Y. / Sun, J. / Gong, W. / Tian, C. / Wang, J.
履歴
登録2012年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-tRNA ligase
B: Tyrosine-tRNA ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1042
ポリマ－72,1042
非ポリマー00
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2790 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area27590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.636, 72.175, 81.744
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-tRNA ligase / チロシンtRNAリガーゼ / Tyrosyl-tRNA synthetase / TyrRS


分子量: 36051.777 Da / 分子数: 2 / 変異: Y32R,L65Y,H70G,F108N,Q109C,D158N,L162S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: tyrS, MJ0389 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57834, チロシンtRNAリガーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.87 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 50 mM Tris, pH 7.5, 500 mM NaCl, 10 mM -mercaptoethanol,VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K, temperature 289.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 21238 / Num. obs: 20580 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 18.98
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.329 / Mean I/σ(I) obs: 3.97 / Num. unique all: 1969 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP- auto MR位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J1U

1j1u


解像度: 2.5→29.729 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 0.35 / 位相誤差: 34.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2985 1042 5.08 %RANDOM
Rwork0.242 ---
all0.2451 21341 --
obs0.2449 20522 96.16 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.729 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4922 0 0 97 5019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6666722
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8631983
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043743
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002864
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.63090.38991230.26192626X-RAY DIFFRACTION91
2.6309-2.79570.34471230.26932855X-RAY DIFFRACTION98
2.7957-3.01130.36921420.27562802X-RAY DIFFRACTION98
3.0113-3.3140.34551650.27312793X-RAY DIFFRACTION97
3.314-3.79270.28661580.22522792X-RAY DIFFRACTION97
3.7927-4.77520.27771600.20862781X-RAY DIFFRACTION96
4.7752-29.73150.24891710.24292831X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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