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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hic | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the potential transfer protein TraK from Gram-positive conjugative plasmid pIP501 | ||||||
要素 | TraK | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Gram-positive / type-IV secretion / pIP501 / anti-parallel beta-sheets | ||||||
機能・相同性 | membrane => GO:0016020 / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterococcus faecalis (乳酸球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.001 Å | ||||||
データ登録者 | Goessweiner-Mohr, N. / Keller, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014 タイトル: The type IV secretion protein TraK from the Enterococcus conjugative plasmid pIP501 exhibits a novel fold 著者: Goessweiner-Mohr, N. / Fercher, C. / Arends, K. / Birner-Gruenberger, R. / Laverde-Gomez, D. / Huebner, J. / Grohmann, E. / Keller, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hic.cif.gz | 94.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hic.ent.gz | 71.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hic.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4hic_validation.pdf.gz | 443.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4hic_full_validation.pdf.gz | 453.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4hic_validation.xml.gz | 17.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4hic_validation.cif.gz | 22.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/4hic ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/4hic | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30643.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: ORF11 from conjugative plasmid pIP501 / プラスミド: pQTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8L1C9 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.52 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: vapor diffusion: microbatch under oil / pH: 6.5 詳細: 1:1 setup of purification buffer with Morpheus screen condition 52 (12.5 % PEG 1000, 12.5 % PEG 3350, 12.5 % MPD, ethylene glycols mix, 0.1 M MES/Imidazol); final protein concentration: 6.45 ...詳細: 1:1 setup of purification buffer with Morpheus screen condition 52 (12.5 % PEG 1000, 12.5 % PEG 3350, 12.5 % MPD, ethylene glycols mix, 0.1 M MES/Imidazol); final protein concentration: 6.45 mg/ml, pH 6.5, vapor diffusion: microbatch under oil, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月30日 詳細: toroidal mirror (M2) to vertically and horizontally focus the beam at the sample position (with 2:1 horizontal demagnification) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: BARTELS MONOCROMATOR / プロトコル: Native / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: -h,k,-l / Fraction: 0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.001→82.835 Å / Num. all: 15465 / Num. obs: 15465 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 12.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.001→40.319 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7381 / σ(F): 0 / 位相誤差: 33.08 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 126.11 Å2 / Biso mean: 59.7934 Å2 / Biso min: 32.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.001→40.319 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 95 %
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