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- PDB-4hgw: Crystal structure of S25-2 in complex with a 5,6-dehydro-Kdo disa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hgw
タイトルCrystal structure of S25-2 in complex with a 5,6-dehydro-Kdo disaccharide
要素
  • Antibody Fab fragment, heavy chain
  • Antibody Fab fragment, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibody (抗体) / LPS
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Brooks, C.L. / Evans, S.V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Exploring the cross-reactivity of S25-2: complex with a 5,6-dehydro-Kdo disaccharide.
著者: Brooks, C.L. / Wimmer, K. / Kosma, P. / Muller-Loennies, S. / Brade, L. / Brade, H. / Evans, S.V.
履歴
登録2012年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references
改定 1.22020年4月22日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp / struct_conn / Item: _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibody Fab fragment, light chain
B: Antibody Fab fragment, heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9655
ポリマ－48,3542
非ポリマー6113
水10,539585
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area19300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.710, 81.300, 131.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Antibody Fab fragment, light chain


分子量: 24242.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): hydridoma / 発現宿主: mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Antibody Fab fragment, heavy chain


分子量: 24110.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 多糖 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-prop-2-en-1-yl 3,5-dideoxy-alpha-D-threo-oct- ...3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-prop-2-en-1-yl 3,5-dideoxy-alpha-D-threo-oct-5-en-2-ulopyranosidonic acid


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 480.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[Aad1eE2h-2a_2-6_2*OCC=C][Aad1122h-2a_2-6]/1-2/a4-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][propyl]{[(1+2)][a-D-5-deoxy-Kdop]{[(4+2)][a-D-Kdop]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: PEG 8000, MgCl, Tris, ZnCl, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月25日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→19.92 Å / Num. obs: 57408 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 12.4 / Scaling rejects: 1735
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
1.65-1.713.710.25342140857481.0597.6
1.71-1.783.890.2114.62251857581.0197.3
1.78-1.864.090.1665.72368757530.9897.6
1.86-1.964.340.1337.12514857480.9397.2
1.96-2.084.340.1078.82526157890.996.9
2.08-2.244.240.08910.62421756840.8896.1
2.24-2.464.010.07412.82297356940.8895.1
2.46-2.823.860.05816.52200056500.9194.1
2.82-3.553.730.043222160757240.994.4
3.55-19.923.760.033342246758601.0192.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.4SSIデータ削減
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3t77

3t77


解像度: 1.65→19.92 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.8568 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1978 2915 5.08 %
Rwork0.1761 --
obs0.1772 57382 95.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.35 Å2 / Biso mean: 29.158 Å2 / Biso min: 13.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3314 0 35 585 3934
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0153458
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.484699
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005590
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2231230
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.649-1.6760.26341570.22062551270895
1.676-1.70490.24531370.20822580271797
1.7049-1.73590.27161580.20292594275297
1.7359-1.76930.26141300.2072610274097
1.7693-1.80530.27531210.20852601272297
1.8053-1.84460.27971250.21032628275398
1.8446-1.88750.26661430.19542597274097
1.8875-1.93460.22961410.19092601274297
1.9346-1.98690.22341570.192631278897
1.9869-2.04530.21921300.18312579270997
2.0453-2.11120.241320.17832589272196
2.1112-2.18660.17691210.18242605272696
2.1866-2.2740.18041380.17092610274896
2.274-2.37740.18641480.17342543269195
2.3774-2.50250.18191150.18212572268795
2.5025-2.65890.20831460.182549269594
2.6589-2.86370.22881480.17562562271094
2.8637-3.15090.20281310.17842577270895
3.1509-3.60450.17941420.17192597273994
3.6045-4.53240.1811480.15352619276794
4.5324-19.92350.15781470.16962672281992

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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