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Yorodumi- PDB-4hb7: The Structure of Dihydropteroate Synthase from Staphylococcus aur... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hb7 | ||||||
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Title | The Structure of Dihydropteroate Synthase from Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50. | ||||||
Components | Dihydropteroate synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors / MTBI | ||||||
Function / homology | Function and homology information dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Cuff, M.E. / Holowicki, J. / Jedrzejczak, R. / Terwilliger, T.C. / Rubin, E.J. / Guinn, K. / Baker, D. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C. / Joachimiak, A. ...Cuff, M.E. / Holowicki, J. / Jedrzejczak, R. / Terwilliger, T.C. / Rubin, E.J. / Guinn, K. / Baker, D. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: The Structure of Dihydropteroate Synthase from Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50. Authors: Cuff, M.E. / Holowicki, J. / Jedrzejczak, R. / Terwilliger, T.C. / Rubin, E.J. / Guinn, K. / Baker, D. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hb7.cif.gz | 213.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4hb7.ent.gz | 170.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hb7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/4hb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/4hb7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1ad1S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | Likely AB dimer in asymmetric unit. |
-Components
#1: Protein | Mass: 29841.041 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Strain: subsp. aureus Mu50 / Gene: folP, SAV0514 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)magic / References: UniProt: P64141, dihydropteroate synthase #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.2M MgCl2, 0.1MES:NaOH pH 6.5, 10% PEG 4K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97907 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 11, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97907 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. all: 42672 / Num. obs: 42672 / % possible obs: 88.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.047 / Net I/σ(I): 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1AD1 Resolution: 1.95→27.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / WRfactor Rfree: 0.2079 / WRfactor Rwork: 0.1654 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8772 / SU B: 5.662 / SU ML: 0.083 / SU R Cruickshank DPI: 0.1472 / SU Rfree: 0.1397 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.14 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 93.82 Å2 / Biso mean: 33.391 Å2 / Biso min: 14.27 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→27.8 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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