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万見
- PDB-4had: Crystal structure of probable oxidoreductase protein from Rhizobi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4had
タイトルCrystal structure of probable oxidoreductase protein from Rhizobium etli CFN 42
要素Probable oxidoreductase protein
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich ...Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable oxidoreductase protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium etli (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. ...Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Zenchek, W. / Love, J. / Fiser, A. / Khafizov, K. / Seidel, R. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of probable oxidoreductase protein from Rhizobium etli CFN 42
著者: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. ...著者: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Zenchek, W. / Love, J. / Fiser, A. / Khafizov, K. / Seidel, R. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C.
履歴
登録2012年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable oxidoreductase protein
B: Probable oxidoreductase protein
C: Probable oxidoreductase protein
D: Probable oxidoreductase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,2648
ポリマ－159,1734
非ポリマー924
水15,799877
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12400 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area45180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.662, 160.081, 192.646
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A0 - 328
2010B0 - 328
1020A0 - 328
2020C0 - 328
1030A0 - 328
2030D0 - 328
1040B0 - 328
2040C0 - 328
1050B0 - 328
2050D0 - 328
1060C0 - 328
2060D0 - 328

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Probable oxidoreductase protein


分子量: 39793.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium etli (根粒菌) / 株: CFN 42 / 遺伝子: RHE_CH00272 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q2KDJ1
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 877 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.17M ammonium acetate, 0.085 M sodium citrate-HCl, pH 5.6, 25.5% PEG4000, 15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.4 % / Av σ(I) over netI: 13.02 / 数: 618604 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Χ2: 1.93 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 180659 / % possible obs: 98.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.435099.910.0472.0513.9
4.315.4399.810.0572.593.7
3.764.3199.810.072.9243.6
3.423.7699.510.0852.8823.5
3.173.4299.210.1022.4593.5
2.993.179910.1272.2993.5
2.842.9998.910.1542.1073.4
2.712.8498.610.1881.9563.4
2.612.7198.710.2181.8733.4
2.522.6198.410.2691.7573.4
2.442.529810.2911.723.4
2.372.4497.910.3441.6453.3
2.312.3797.810.3651.5983.3
2.252.3197.110.3981.5883.3
2.22.2597.410.4411.5293.3
2.152.297.210.5151.5143.3
2.112.1597.110.6191.4313.3
2.072.119710.6591.4273.3
2.032.0797.110.7361.3883.3
22.0397.310.8681.3433.3
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 180659 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Χ2: 1.933 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.033.30.86888981.343197.3
2.03-2.073.30.73690421.388197.1
2.07-2.113.30.65987921.427197
2.11-2.153.30.61989471.431197.1
2.15-2.23.30.51589141.514197.2
2.2-2.253.30.44189601.529197.4
2.25-2.313.30.39889341.588197.1
2.31-2.373.30.36589551.598197.8
2.37-2.443.30.34490251.645197.9
2.44-2.523.40.29190451.72198
2.52-2.613.40.26989641.757198.4
2.61-2.713.40.21891271.873198.7
2.71-2.843.40.18890871.956198.6
2.84-2.993.40.15490412.107198.9
2.99-3.173.50.12790762.299199
3.17-3.423.50.10291282.459199.2
3.42-3.763.50.08591762.882199.5
3.76-4.313.60.0791372.924199.8
4.31-5.433.70.05791752.59199.8
5.43-503.90.04792362.051199.9

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→20.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / WRfactor Rfree: 0.2006 / WRfactor Rwork: 0.1703 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.11 / FOM work R set: 0.8565 / SU B: 8.108 / SU ML: 0.114 / SU R Cruickshank DPI: 0.1731 / SU Rfree: 0.1462 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2056 4762 5 %RANDOM
Rwork0.1748 ---
obs0.1763 95313 98.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 163.7 Å2 / Biso mean: 32.9759 Å2 / Biso min: 12.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.02 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.84 Å2-0 Å2
3----0.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10034 0 4 877 10915
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01910293
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.029678
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2481.94913949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.034322209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.91951280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.28423.537523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.754151655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8551597
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211820
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022461
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: LOCAL / Weight: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms
11A199890.06
12B199890.06
21A199500.07
22C199500.07
31A200130.07
32D200130.07
41B198130.07
42C198130.07
51B199710.06
52D199710.06
61C198930.07
62D198930.07
LS精密化 シェル解像度: 2.002→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 346 -
Rwork0.256 6506 -
all-6852 -
obs--97.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2802-0.26620.09231.17230.61.1430.08560.1880.0559-0.1833-0.1033-0.11780.07870.03630.01780.17590.04190.0350.150.05350.157234.61482.04893.4
20.4707-0.16640.31121.23660.4271.39640.0236-0.0385-0.1514-0.0359-0.01910.02510.3258-0.0297-0.00460.21120.00920.00360.0120.04380.201739.83260.229121.559
30.5859-0.2947-0.08451.10510.29691.2617-0.03090.0420.37330.1046-0.0323-0.2353-0.33530.00340.06330.23-0.0165-0.04810.00630.04590.41341.749114.698118.901
40.6879-0.08740.05921.08510.32371.0814-0.1076-0.27880.15130.23630.0759-0.1406-0.1411-0.05510.03180.2040.0521-0.04920.1275-0.03340.177733.25593.344146.641
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 328
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 328
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 328
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 328

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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