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- PDB-4h5q: Crystal Structure of Rift Valley Fever Virus Nucleocapsid Protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h5q
タイトルCrystal Structure of Rift Valley Fever Virus Nucleocapsid Protein Hexamer Bound to Single-stranded DNA
要素
  • 30-mer poly(T) DNA
  • Nucleocapsid proteinウイルス
キーワードVIRAL PROTEIN/DNA (ウイルス性) / nucleocapsid protein (ウイルス) / N protein / ribonucleoprotein (核タンパク質) / viral nucleoprotein / RNA binding (リボ核酸) / virus (ウイルス) / RNP / VIRAL PROTEIN-DNA complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid, Phlebovirus/Tenuivirus / Nucleocapsid, Phlebovirus / Tenuivirus/Phlebovirus nucleocapsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / 核タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Raymond, D.D. / Smith, J.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Phleboviruses encapsidate their genomes by sequestering RNA bases.
著者: Raymond, D.D. / Piper, M.E. / Gerrard, S.R. / Skiniotis, G. / Smith, J.L.
履歴
登録2012年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22012年12月5日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleocapsid protein
B: Nucleocapsid protein
C: Nucleocapsid protein
D: 30-mer poly(T) DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3134
ポリマ－86,3134
非ポリマー00
水1,00956
1
A: Nucleocapsid protein
B: Nucleocapsid protein
C: Nucleocapsid protein
D: 30-mer poly(T) DNA

A: Nucleocapsid protein
B: Nucleocapsid protein
C: Nucleocapsid protein
D: 30-mer poly(T) DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,6278
ポリマ－172,6278
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
Buried area31250 Å2
ΔGint-202 kcal/mol
Surface area60230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.640, 108.640, 261.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-302-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Nucleocapsid protein / ウイルス


分子量: 27366.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
株: ZH-501 / 遺伝子: N / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Ai/prare2 / 参照: UniProt: D3K5I7
#2: DNA鎖 30-mer poly(T) DNA


分子量: 4213.742 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細EACH DNA CHAIN IS MODELED WITH ONLY 14 BASES. ADDITIONAL BASES IN THE DNA STRAND ARE SUPPLIED BY SYMMETRY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15% PEG3350, 350 mM sodium chloride, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
詳細: K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→94.085 Å / Num. all: 25771 / Num. obs: 25771 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.4 % / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.7-2.854.30.77911549036150.77998.5
2.85-3.024.50.5611.31570435050.56199.8
3.02-3.234.50.3462.21468332710.34699.8
3.23-3.494.50.1953.91377230860.19599.9
3.49-3.824.50.1196.21271128500.119100
3.82-4.274.40.0739.81151226070.073100
4.27-4.934.40.05911.21018023320.059100
4.93-6.044.30.097.3862620100.09100
6.04-8.544.20.04114.6667815930.04199.9
8.54-53.65840.03116.835879020.03195.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-IceEpicsデータ収集
BUSTER2.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LYF

3lyf


解像度: 2.7→53.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9422 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9175 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU R Cruickshank DPI: 0.982 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.517 / SU Rfree Blow DPI: 0.301 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2299 1313 5.1 %RANDOM
Rwork0.1891 ---
obs0.1911 25749 99.29 %-
原子変位パラメータBiso max: 151.99 Å2 / Biso mean: 61.0411 Å2 / Biso min: 16.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9209 Å20 Å20 Å2
2---0.9209 Å20 Å2
3---1.8418 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→53.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5698 277 0 56 6031
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2920SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes140HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes862HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6113HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion785SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7043SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6113HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8308HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.49
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.24
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.81 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2658 155 5.58 %
Rwork0.2294 2623 -
all0.2315 2778 -
obs--99.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7221-0.47211.19120.4704-0.38322.82610.07810.03350.0183-0.0926-0.023-0.37080.33540.4288-0.0551-0.02180.19340.0228-0.0978-0.09460.157916.219540.6898-15.4384
24.6162-2.51671.28484.25340.26012.2648-0.1975-0.5263-0.0720.25080.2528-0.2304-0.174-0.1003-0.0553-0.03810.1027-0.0144-0.10630.006-0.0874-10.442411.6158-9.6972
32.94610.6181-0.89991.7729-0.1512.21130.01790.14160.0443-0.16160.0529-0.1609-0.2380.1278-0.07080.010.02090.0512-0.1301-0.0225-0.1156-8.32323.974-29.1767
4-0.1996-0.03920.84441.7081-0.46150-0.0184-0.0117-0.01310.03030.0289-0.0451-0.02060.0137-0.01040.258-0.06270.061-0.13620.0729-0.06873.16585.2258-29.5774
50.09580.93770.2784.0010.4750.21580.0223-0.0769-0.215-0.00660.05820.0990.0176-0.2448-0.0805-0.06880.13710.0051-0.03570.01270.0023-22.13915.104-18.4349
61.7021-0.426-0.5723.234-0.1843.21340.0759-0.09040.07890.1983-0.1129-0.102-0.03850.05780.037-0.07390.05450.0291-0.0970.0252-0.0359-48.186214.9733-12.4162
73.5558-0.32410.17252.2521-0.3981.57240.03860.11970.0446-0.0425-0.0674-0.17610.05070.0490.02880.02430.07170.045-0.08880.0387-0.1514-35.721216.1514-31.181
82.7102-1.63662.47221.3309-0.27510.3396-0.07590.27810.1922-0.05490.0024-0.0611-0.12330.17670.07340.05650.0236-0.0023-0.051-0.0247-0.04360.102980.9106-20.0335
94.15571.3978-0.23534.65560.85193.2846-0.149-0.50460.16110.46010.0529-0.6060.32610.22970.09610.03980.1328-0.0825-0.122-0.0442-0.080210.435746.2816-6.3399
103.3680.7044-0.71094.46280.81224.1617-0.0855-0.01130.1376-0.20930.0682-0.1042-0.2862-0.00750.01730.04530.06250.042-0.2258-0.0108-0.19584.112650.5427-28.2454
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|4 - 33}A4 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2{A|34 - 117}A34 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3{A|118 - 245}A118 - 245
4X-RAY DIFFRACTION4{B|5 - 12}B5 - 12
5X-RAY DIFFRACTION5{B|17 - 34}B17 - 34
6X-RAY DIFFRACTION6{B|35 - 127}B35 - 127
7X-RAY DIFFRACTION7{B|128 - 245}B128 - 245
8X-RAY DIFFRACTION8{C|4 - 33}C4 - 33
9X-RAY DIFFRACTION9{C|34 - 112}C34 - 112
10X-RAY DIFFRACTION10{C|113 - 245}C113 - 245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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