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万見
- PDB-4h0h: Crystal structure of mimicry-recognizing 2D10 scFv with peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h0h
タイトルCrystal structure of mimicry-recognizing 2D10 scFv with peptide
要素
  • 2D10 scFv
  • peptideペプチド
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / molecular mimicry / sugar (砂糖)
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tapryal, S. / Gaur, V. / Kaur, K.J. / Salunke, D.M.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2013
タイトル: Structural evaluation of a mimicry-recognizing paratope: plasticity in antigen-antibody interactions manifests in molecular mimicry.
著者: Tapryal, S. / Gaur, V. / Kaur, K.J. / Salunke, D.M.
履歴
登録2012年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Refinement description
改定 1.22013年7月10日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 2D10 scFv
D: peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2602
ポリマ－28,2602
非ポリマー00
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.330, 80.330, 74.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-101-

HOH

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要素

#1: 抗体 2D10 scFv


分子量: 26894.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / Cell: B-cell / 器官: spleen / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: タンパク質・ペプチド peptide / ペプチド


分子量: 1365.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES, pH 6.5, 1.6 M magnesium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年12月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni filter CMF 12 38CU-6 (Osmic Inc.)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→69.568 Å / Num. all: 19310 / Num. obs: 19310 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4H0I

4h0i


解像度: 2→25.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.385 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE COORDINATES FOR RESIDUES 4-9 OF CHAIN D HAVE BEEN MODELED WHILE VISUALIZING THE 2FO-FC AND FO-FC MAPS AT SIGMA CUT-OFFS OF 0.7 AND 1.6, RESPECTIVELY, WITH AN OCCUPANCY OF 0.8 AND AN ...詳細: THE COORDINATES FOR RESIDUES 4-9 OF CHAIN D HAVE BEEN MODELED WHILE VISUALIZING THE 2FO-FC AND FO-FC MAPS AT SIGMA CUT-OFFS OF 0.7 AND 1.6, RESPECTIVELY, WITH AN OCCUPANCY OF 0.8 AND AN AVERAGE B-FACTOR OF 92.1. THEREFORE, HIGHER REAL SPACE R-FACTORS AND LOWER DENSITY CORRELATION ARE EXPECTED FOR THESE RESIDUES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21525 1899 9.9 %RANDOM
Rwork0.19524 ---
obs0.19725 17376 99.96 %-
all-19310 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20.17 Å20 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1914 0 0 204 2118
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0221964
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8651.9552661
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9985245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.48324.02677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.45915319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.046155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1680.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0211476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5751.51224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.53821968
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1593740
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5464.5693
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 135 -
Rwork0.22 1262 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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