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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gxq | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of ATP bound RpMatB-BxBclM chimera B1 | ||||||
要素 | Malonyl CoA synthetase, Benzoate-CoA ligase Chimeric protein | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / RpMatB-BxBclM chimera / ANL Superfamily / methylmalonate-CoA ligase / malonate-CoA ligase / methylmalonate / malonate (マロン酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 安息香酸CoAリガーゼ / benzoate-CoA ligase activity / 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの / secondary metabolite biosynthetic process / ligase activity / ATP binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) Burkholderia xenovorans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Rank, K.C. / Crosby, H.A. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Structural Insights into the Substrate Specificity of the Rhodopseudomonas palustris Protein Acetyltransferase RpPat: IDENTIFICATION OF A LOOP CRITICAL FOR RECOGNITION BY RpPat. 著者: Crosby, H.A. / Rank, K.C. / Rayment, I. / Escalante-Semerena, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4gxq.cif.gz | 627.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4gxq.ent.gz | 523.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4gxq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/4gxq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/4gxq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55892.242 Da / 分子数: 3 断片: UNP Q6ND88 residues 1-443,466-506 and UNP Q13WK3 473-497 変異: K491A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌), (組換発現) Burkholderia xenovorans (バクテリア) 株: CGA009, LB400 / 遺伝子: matB, RPA0221 / プラスミド: PTEV5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JE9314 参照: UniProt: Q6ND88, UniProt: Q13WK3, 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.71 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HEPES buffer (100 mM, pH 7.5), 200 mM potassium glutamate, polyethylene glycol 8000 (26 % (w/v), propylene glycol (5 %, w/v), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月4日 |
放射 | モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK HIGH-RESOLUTION DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR. LN2 COOLED FIRST CRYSTAL, SAGITTAL FOCUSING 2ND CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→25 Å / Num. all: 850800 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.385 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 8163 / Rsym value: 0.436 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4FUT 解像度: 2→24.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 6.872 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.609 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→24.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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