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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gpx | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the protozoal cytoplasmic ribosomal decoding site in complex with 6'-hydroxysisomicin (P212121 form) | ||||||||||||||||||
要素 | RNA (5'-R(*キーワード | RNA/ANTIBIOTIC / ribosome (リボソーム) / aminoglycoside (アミノグリコシド系抗生物質) / RNA-ANTIBIOTIC complex / antiprotozoal activity (抗原虫薬) / antibacterial activity | 機能・相同性 | Chem-6HS / リボ核酸 / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | データ登録者 | Kondo, J. / Koganei, M. / Maianti, J.P. / Ly, V.L. / Hanessian, S. | 引用 | ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2013 | タイトル: Crystal structures of a bioactive 6'-hydroxy variant of sisomicin bound to the bacterial and protozoal ribosomal decoding sites 著者: Kondo, J. / Koganei, M. / Maianti, J.P. / Ly, V.L. / Hanessian, S. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4gpx.cif.gz | 34.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4gpx.ent.gz | 24.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4gpx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/4gpx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/4gpx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 7386.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.36 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Na Cacodylate, Spermine, NaCl, MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→36.8 Å / Num. obs: 4696 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→36.8 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1
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溶媒の処理 | Bsol: 37.9883 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 104.2 Å2 / Biso mean: 67.4001 Å2 / Biso min: 34.75 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→36.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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