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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gp4 | |||||||||
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タイトル | Structure of Recombinant Cytochrome ba3 Oxidase mutant Y133F from Thermus thermophilus | |||||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Proton Pump (プロトンポンプ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 シトクロムcオキシダーゼ / 酸化的リン酸化 / cytochrome-c oxidase activity / respirasome / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Li, Y. / Chen, Y. / Stout, C.D. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013 タイトル: Ligand Access to the Active Site in Thermus thermophilusba(3) and Bovine Heart aa(3) Cytochrome Oxidases. 著者: McDonald, W. / Funatogawa, C. / Li, Y. / Szundi, I. / Chen, Y. / Fee, J.A. / Stout, C.D. / Einarsdottir, O. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4gp4.cif.gz | 178.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4gp4.ent.gz | 138.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4gp4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/4gp4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/4gp4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 63385.992 Da / 分子数: 1 / 変異: Y133F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: cbaA, TTHA1135 / プラスミド: pmk18 発現宿主: Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株 (発現宿主): MT111 / 参照: UniProt: Q5SJ79, シトクロムcオキシダーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 18581.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: cbaB, ctaC, TTHA1134 / プラスミド: pmk18 発現宿主: Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株 (発現宿主): MT111 / 参照: UniProt: Q5SJ80, シトクロムcオキシダーゼ |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3769.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: cbaD, TTHA1133 / プラスミド: pmk18 発現宿主: Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株 (発現宿主): MT111 / 参照: UniProt: P82543, シトクロムcオキシダーゼ |
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-非ポリマー , 7種, 136分子
#4: 化合物 | ChemComp-CU / | ||||
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#5: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||
#6: 化合物 | ChemComp-HAS / | ||||
#7: 化合物 | ChemComp-PER / | ||||
#8: 化合物 | ChemComp-OLC / ( #9: 化合物 | ChemComp-CUA / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.32 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.5 詳細: 50mM Sodium Cacodylate, 1.6M NaCl, 40% PEG400, pH 6.5, Lipidic Cubic Phase, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→74.82 Å / Num. all: 26065 / Num. obs: 25916 / % possible obs: 99.43 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→74.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.332 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.916 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→74.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
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