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Yorodumi- PDB-4ghj: 1.75 Angstrom Crystal Structure of Transcriptional Regulator ftom... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ghj | ||||||
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Title | 1.75 Angstrom Crystal Structure of Transcriptional Regulator ftom Vibrio vulnificus. | ||||||
Components | Probable transcriptional regulator | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / transcriptional regulator / DNA | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Vibrio vulnificus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: 1.75 Angstrom Crystal Structure of Transcriptional Regulator ftom Vibrio vulnificus. Authors: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ghj.cif.gz | 79.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ghj.ent.gz | 66.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ghj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/4ghj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/4ghj | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 11468.505 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Transcriptional Regulator Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio vulnificus (bacteria) / Strain: CMCP6 / Gene: VV1_2191 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q8DAK3, UniProt: A0A3Q0L571*PLUS #2: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THE INITIAL SEQUENCE WAS CUT AFTER RESIDUE 77 OR MAYBE FEW RESIDUES AFTER | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.76 Å3/Da / Density % sol: 29.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9 Details: Protein: 7.6mg/mL, 0.5M Sodium cloride, 0.01M Tris-HCl pH 8.3; Screen: PACT (D6), 0.1M MMT buffer pH 9.0, 25% (w/v) PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 20, 2012 / Details: Beryllium lenses |
Radiation | Monochromator: Diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→30 Å / Num. all: 16622 / Num. obs: 16622 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 31.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.78 Å / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 713 / % possible all: 83.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.75→28.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 4.742 / SU ML: 0.064 Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Refined Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.12 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.626 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→28.53 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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