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- PDB-4gbr: N-Terminal T4 Lysozyme Fusion Facilitates Crystallization of a G ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gbr
タイトルN-Terminal T4 Lysozyme Fusion Facilitates Crystallization of a G Protein Coupled Receptor
要素
  • Beta-2 adrenergic receptor
  • Lysozymeリゾチーム
キーワードMEMBRANE PROTEIN/HYDROLASE (生体膜) / 7 transmembrane helices / G-protein coupled receptor (Gタンパク質共役受容体) / signal transduction (シグナル伝達) / carazolol / alkylation (アルキル化) / membrane (生体膜) / MEMBRANE PROTEIN-HYDROLASE complex (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway by arrestin / beta2-adrenergic receptor activity / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / positive regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / norepinephrine binding / アドレナリン受容体 / 熱力学 / positive regulation of autophagosome maturation / positive regulation of AMPA receptor activity ...desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway by arrestin / beta2-adrenergic receptor activity / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / positive regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / norepinephrine binding / アドレナリン受容体 / 熱力学 / positive regulation of autophagosome maturation / positive regulation of AMPA receptor activity / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / negative regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of lipophagy / response to psychosocial stress / negative regulation of multicellular organism growth / endosome to lysosome transport / adrenergic receptor signaling pathway / neuronal dense core vesicle / diet induced thermogenesis / positive regulation of protein kinase A signaling / adenylate cyclase binding / smooth muscle contraction / potassium channel regulator activity / positive regulation of bone mineralization / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / brown fat cell differentiation / regulation of sodium ion transport / bone resorption / viral release from host cell by cytolysis / activation of adenylate cyclase activity / response to cold / receptor-mediated endocytosis / peptidoglycan catabolic process / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / cellular response to amyloid-beta / cell wall macromolecule catabolic process / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / リゾチーム / lysozyme activity / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / amyloid-beta binding / G alpha (s) signalling events / host cell cytoplasm / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of MAPK cascade / リソソーム / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / エンドソーム / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / エンドソーム / defense response to bacterium / apical plasma membrane / protein-containing complex binding / ゴルジ体 / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme ...Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / リゾチーム / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CAU / Endolysin / Beta-2 adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.993 Å
データ登録者Zou, Y. / Weis, W.I. / Kobilka, B.K.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: N-terminal t4 lysozyme fusion facilitates crystallization of a g protein coupled receptor.
著者: Zou, Y. / Weis, W.I. / Kobilka, B.K.
履歴
登録2012年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-2 adrenergic receptor
B: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7303
ポリマ－53,4322
非ポリマー2981
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.382, 71.376, 161.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-2 adrenergic receptor / / Beta-2 adrenoreceptor / Beta-2 adrenoceptor


分子量: 35092.156 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 29-365 / 変異: M96T, M98T, N187E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADRB2, ADRB2R, B2AR / 参照: UniProt: P07550
#2: タンパク質 Lysozyme / リゾチーム / Endolysin / Lysis protein / Muramidase


分子量: 18339.934 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 2-161 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: E / 参照: UniProt: P00720, リゾチーム
#3: 化合物 ChemComp-CAU / (2S)-1-(9H-Carbazol-4-yloxy)-3-(isopropylamino)propan-2-ol / (S)-Carazolol / S-カラゾロ-ル


分子量: 298.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22N2O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 15

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.58 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.5
詳細: PEG300 37% Bis-Tris propane 0.1M Ammonium phosphate, dibasic, 0.1M, pH 6.5, lipidic cubic phase, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.993→50 Å / Num. obs: 4927

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
APEXデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.993→29.738 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2821 734 14.99 %
Rwork0.2649 --
obs0.2677 4895 90.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 140.384 Å2 / ksol: 0.315 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--21.2141 Å20 Å20 Å2
2--59.2829 Å2-0 Å2
3----38.0128 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.993→29.738 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3588 0 22 0 3610
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043694
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6935015
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.451311
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047581
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002615
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9933-4.30080.40151280.3395727X-RAY DIFFRACTION83
4.3008-4.7320.34571420.3182803X-RAY DIFFRACTION90
4.732-5.41320.31961500.2888848X-RAY DIFFRACTION93
5.4132-6.80650.32521520.3136868X-RAY DIFFRACTION94
6.8065-29.73880.21911620.2126915X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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