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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gbe | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of E. coli DNA Adenine Methyltransferase in Complex with SAH | ||||||
要素 | DNA adenine methylaseDamメチラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Methylation (メチル化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type DNA replication initiation / macromolecule modification / Damメチラーゼ / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / S-adenosyl-L-methionine binding / DNAミスマッチ修復 / response to UV / DNA-templated DNA replication / メチル化 / sequence-specific DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å | ||||||
データ登録者 | Harmer, J.E. / Roach, P.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structural Basis of Selective N-6 adenine methyltransferase Inhibition by Transition State Mimics 著者: Harmer, J.E. / McKelvie, J.C. / Hobley, G. / Roach, P.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4gbe.cif.gz | 162.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4gbe.ent.gz | 129.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4gbe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/4gbe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/4gbe | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32972.484 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b3387, dam, JW3350 / プラスミド: pET24D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEE8, Damメチラーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM MES, 1600 mM ammonium Sulfate, 16% glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92453 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2010年8月5日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.92453 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.65→38.712 Å / Num. all: 41829 / Num. obs: 41829 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 21.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.66→29.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 8.089 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.348 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.903 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.66→29.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.66→2.729 Å / Total num. of bins used: 20
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