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Yorodumi- PDB-4g81: Crystal structure of a hexonate dehydrogenase ortholog (target ef... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4g81 | ||||||
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Title | Crystal structure of a hexonate dehydrogenase ortholog (target efi-506402 from salmonella enterica, unliganded structure | ||||||
Components | Putative hexonate dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics / dehydrogenase | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Vetting, M.W. / Wichelecki, D. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of a hexonate dehydrogenase ortholog (target efi-506402 from salmonella enterica, unliganded structure Authors: Vetting, M.W. / Wichelecki, D. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4g81.cif.gz | 390.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4g81.ent.gz | 319.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4g81.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/4g81 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/4g81 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3cxrS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | biological unit is an tetramer |
-Components
#1: Protein | Mass: 27376.170 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (bacteria) Strain: P125109 / Gene: SEN1435 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: B5R540, UniProt: A0A6C7HQ69*PLUS #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 39.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: Protein (10mM Tris pH 7.9 and 5mM MgCl2, Reservoir (0.1 M Bis-Tris Propane:HCl pH 7 1.098 M Malonic acid, 0.15 M Ammonium Citrate Tribasic, 0.072 M Succinic Acid, 0.18 M DL-Malic Acid,0.24 M ...Details: Protein (10mM Tris pH 7.9 and 5mM MgCl2, Reservoir (0.1 M Bis-Tris Propane:HCl pH 7 1.098 M Malonic acid, 0.15 M Ammonium Citrate Tribasic, 0.072 M Succinic Acid, 0.18 M DL-Malic Acid,0.24 M Sodium Acetate, 0.3 M Sodium Formate, 0.096 M Ammonium Tartrate Dibasic), Cryoprotection (Reservoir, + 20% Ethylene glycol), sitting drop, vapor diffusion, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.9793 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Jan 1, 2012 / Details: MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→94.197 Å / Num. all: 71511 / Num. obs: 71511 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 11.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3CXR Resolution: 1.9→64.678 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8665 / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Phase error: 20.11 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 119.67 Å2 / Biso mean: 20.5572 Å2 / Biso min: 3.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→64.678 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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