PDB-4g81: Crystal structure of a hexonate dehydrogenase ortholog (target ef...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4g81

タイトル

Crystal structure of a hexonate dehydrogenase ortholog (target efi-506402 from salmonella enterica, unliganded structure

要素

Putative hexonate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

enzyme function initiative / EFI /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) /

dehydrogenase (脱水素酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Wichelecki, D. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a hexonate dehydrogenase ortholog (target efi-506402 from salmonella enterica, unliganded structure
著者: Vetting, M.W. / Wichelecki, D. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)

履歴

登録	2012年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4g81.cif.gz	390.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4g81.ent.gz	319.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4g81.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/4g81 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/4g81	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3cxrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1zk4-1 6xew-1 4rf5-1 4ibo-d 6vsp-1 3ndr-d 5jc8-d 6y0s-1 3rwb-d 6y0z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-506402

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

D: Putative hexonate dehydrogenase

A: Putative hexonate dehydrogenase

B: Putative hexonate dehydrogenase

C: Putative hexonate dehydrogenase

ヘテロ分子

110 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

D: Putative hexonate dehydrogenase

B: Putative hexonate dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
55 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Putative hexonate dehydrogenase

A: Putative hexonate dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
54.9 kDa, 2 ポリマー
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4

A: Putative hexonate dehydrogenase

C: Putative hexonate dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
54.9 kDa, 2 ポリマー
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5

B: Putative hexonate dehydrogenase

C: Putative hexonate dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
54.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.650, 94.197, 129.356
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-476- HOH

詳細

biological unit is an tetramer

#1: タンパク質	Putative hexonate dehydrogenase 分子量: 27376.170 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (サルモネラ菌) 株: P125109 / 遺伝子: SEN1435 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B5R540, UniProt: A0A6C7HQ69*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 566 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.97 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein (10mM Tris pH 7.9 and 5mM MgCl2, Reservoir (0.1 M Bis-Tris Propane:HCl pH 7 1.098 M Malonic acid, 0.15 M Ammonium Citrate Tribasic, 0.072 M Succinic Acid, 0.18 M DL-Malic Acid,0.24 M ...詳細: Protein (10mM Tris pH 7.9 and 5mM MgCl2, Reservoir (0.1 M Bis-Tris Propane:HCl pH 7 1.098 M Malonic acid, 0.15 M Ammonium Citrate Tribasic, 0.072 M Succinic Acid, 0.18 M DL-Malic Acid,0.24 M Sodium Acetate, 0.3 M Sodium Formate, 0.096 M Ammonium Tartrate Dibasic), Cryoprotection (Reservoir, + 20% Ethylene glycol), sitting drop, vapor diffusion, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

結晶

マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.97 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein (10mM Tris pH 7.9 and 5mM MgCl2, Reservoir (0.1 M Bis-Tris Propane:HCl pH 7 1.098 M Malonic acid, 0.15 M Ammonium Citrate Tribasic, 0.072 M Succinic Acid, 0.18 M DL-Malic Acid,0.24 M ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月1日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→94.197 Å / Num. all: 71511 / Num. obs: 71511 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.11 / R_sym value: 0.11 / Net I/σ(I): 11.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.9-2	6.5	0.664	1.2	66989	10307	0.664	99.7
2-2.12	6.7	0.431	1.8	65096	9753	0.431	99.8
2.12-2.27	6.9	0.298	2.6	63062	9183	0.298	99.9
2.27-2.45	7.1	0.22	3.5	61058	8616	0.22	100
2.45-2.69	7.3	0.168	4.6	57683	7925	0.168	100
2.69-3	7.4	0.114	6.5	52980	7194	0.114	100
3-3.47	7.3	0.078	8.7	46876	6391	0.078	100
3.47-4.25	7.3	0.061	10.2	39605	5449	0.061	99.9
4.25-6.01	7.2	0.052	11.6	30578	4274	0.052	100
6.01-129.356	6.6	0.045	12.5	16038	2419	0.045	97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3CXR

3cxr

解像度: 1.9→64.678 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8665 / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 20.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2024	3612	5.06 %	RANDOM
R_work	0.1635	-	-	-
all	0.1654	71403	-	-
obs	0.1654	71403	99.71 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 119.67 Å² / B_iso mean: 20.5572 Å² / B_iso min: 3.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→64.678 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7640	0	18	566	8224

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7779
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.033	10553
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1232
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1348
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.247	2768

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9-1.925	0.2554	154	0.223	2565	2719	99
1.925-1.9514	0.2391	135	0.207	2564	2699	100
1.9514-1.9793	0.2316	150	0.2068	2555	2705	100
1.9793-2.0088	0.2541	124	0.2	2576	2700	100
2.0088-2.0402	0.2624	160	0.1909	2557	2717	100
2.0402-2.0736	0.2402	130	0.1916	2574	2704	100
2.0736-2.1094	0.227	145	0.1791	2598	2743	100
2.1094-2.1478	0.2358	142	0.1679	2557	2699	100
2.1478-2.1891	0.2081	130	0.1719	2597	2727	100
2.1891-2.2338	0.202	126	0.1661	2605	2731	100
2.2338-2.2823	0.2201	157	0.1627	2567	2724	100
2.2823-2.3354	0.1974	112	0.1559	2602	2714	100
2.3354-2.3938	0.2013	130	0.1605	2626	2756	100
2.3938-2.4586	0.2007	142	0.1551	2583	2725	100
2.4586-2.5309	0.209	128	0.1669	2598	2726	100
2.5309-2.6126	0.234	129	0.1587	2633	2762	100
2.6126-2.706	0.2153	132	0.1724	2601	2733	100
2.706-2.8143	0.2203	136	0.1703	2617	2753	100
2.8143-2.9424	0.1918	169	0.1664	2587	2756	100
2.9424-3.0975	0.2038	135	0.1631	2622	2757	100
3.0975-3.2916	0.1865	134	0.1624	2617	2751	100
3.2916-3.5457	0.1793	148	0.1534	2636	2784	100
3.5457-3.9025	0.1861	136	0.1458	2658	2794	100
3.9025-4.4671	0.1734	140	0.138	2665	2805	100
4.4671-5.6276	0.1739	137	0.1442	2695	2832	100
5.6276-64.7155	0.1922	151	0.1745	2736	2887	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.638	-0.0547	0.2432	0.8527	-0.6377	1.6928	0.0048	-0.115	0.2588	0.1271	-0.0993	0.1055	-0.1373	-0.3066	0.0384	0.0974	0.0248	0.0269	0.1899	-0.0071	0.1051	-7.1781	12.9149	47.3527
2	2.7875	0.7165	0.8767	1.4012	0.3373	2.2029	0.0308	-0.3008	0.6806	0.1642	-0.1305	0.4499	-0.4148	-0.3019	0.0854	0.1734	0.0087	0.0404	0.2372	-0.0385	0.26	-9.1183	16.7083	56.3902
3	0.8609	-0.6036	0.4522	0.5042	-0.0055	1.4918	-0.1072	-0.3905	0.0377	0.1995	0.1505	0.0666	-0.0666	-0.3508	0.0742	0.1192	0.0475	0.0097	0.1829	-0.0203	0.0721	4.4124	10.7536	55.5227
4	1.4439	-0.0246	0.1444	1.519	-0.1371	1.2332	-0.0771	-0.2022	-0.0342	0.1141	0.0827	0.0227	-0.0482	-0.1172	-0.0097	0.0724	0.0149	0.0022	0.1174	-0.0065	0.0728	10.0886	8.6158	48.318
5	1.1091	0.0443	-0.071	1.4388	-0.4778	0.9205	-0.0007	-0.1495	0.2571	0.2602	-0.0147	-0.0087	-0.1749	-0.15	0.0103	0.1066	0.0295	-0.0097	0.0938	-0.0333	0.1256	4.5483	21.3456	38.0704
6	1.8463	0.0418	-0.1082	1.2518	-0.1524	1.9236	-0.1472	0.2139	-0.0235	-0.1843	-0.048	0.2244	-0.0393	-0.1533	0.1213	0.1201	0.0061	-0.0525	0.1821	-0.0045	0.1243	-7.1165	11.8482	11.4833
7	1.0422	0.1947	-0.1712	0.6862	-0.5621	1.0315	-0.0984	0.1207	-0.0805	-0.2806	0.0776	0.0932	0.1886	-0.1536	0.0262	0.1161	-0.0199	-0.0085	0.0579	-0.0278	0.0641	7.9375	7.6367	20.0247
8	1.6894	0.1468	-0.2409	0.5292	0.3429	1.7178	-0.0156	-0.0348	0.1254	0.0403	-0.1502	-0.309	0.0416	0.4989	0.1176	0.1114	0.0103	-0.0239	0.2744	0.0325	0.2304	43.8802	8.5378	46.5805
9	3.1263	0.4728	-1.546	0.2139	-0.0102	1.8849	-0.0202	-0.4737	-0.528	0.1234	-0.0532	-0.2746	0.4041	0.1798	0.0002	0.1693	0.0373	-0.0455	0.3523	0.0256	0.332	45.9651	3.4131	54.7903
10	0.3266	0.1455	-0.5733	0.622	0.0067	2.0695	-0.0038	-0.3876	0.447	0.3495	-0.0799	-0.4058	-0.3892	0.7263	0.0148	0.2837	-0.0536	-0.1751	0.3357	-0.0594	0.3473	40.4739	17.6641	57.6992
11	3.5071	1.3071	-0.0569	2.0774	-0.1451	1.3714	0.0718	-0.2675	-0.4407	0.1837	0.0991	-0.1219	0.2545	-0.0379	-0.0961	0.1428	-0.0026	-0.0216	0.1316	0.0344	0.1145	19.6361	-0.0591	54.2699
12	1.1713	0.1137	-0.2545	1.0101	-0.4561	1.1441	-0.0748	-0.1426	0.1328	0.114	0.0312	-0.1943	-0.1015	0.2152	-0.0276	0.0726	-0.0199	-0.0432	0.0888	-0.0141	0.1268	27.9763	14.4962	46.7185
13	1.4945	0.2922	0.0429	1.884	0.3321	1.4196	0.0068	-0.1062	-0.1894	0.1514	-0.1311	-0.245	0.2954	0.2951	-0.1072	0.1382	0.0201	0.0418	0.0696	0.0263	0.0993	31.7881	1.571	36.4761
14	1.7751	-0.2922	0.0005	0.1548	0.3164	0.9515	0.0446	-0.1009	0.294	-0.0769	-0.2219	-0.1965	0.0149	0.4452	-0.1205	0.1069	0.0497	0.1451	0.2883	0.1267	0.26	43.6208	15.1475	16.8979
15	1.4905	-0.6783	0.8716	0.6414	-0.3235	2.006	-0.0119	0.3624	0.7225	-0.1283	-0.1839	-0.4358	-0.3161	0.4501	0.0762	0.1886	0.0151	0.095	0.2726	0.1249	0.4412	45.6844	20.1409	8.3387
16	1.7879	0.1288	0.5964	0.1813	-0.1527	1.2877	0.0824	0.5766	-0.076	-0.4083	-0.2138	-0.2635	0.503	0.365	0.5559	0.3299	0.2548	0.286	0.3479	0.0761	0.1008	39.9326	6.0876	5.9289
17	3.0669	-1.2483	0.1751	1.498	-0.3148	0.6974	0.0283	0.355	0.4042	-0.2401	-0.004	-0.2627	-0.0545	0.0157	-0.0231	0.1582	-0.0067	0.0108	0.1096	0.0382	0.134	19.068	23.4732	9.5384
18	1.0212	0.1114	0.0693	0.59	-0.1962	1.0043	-0.0568	0.0982	0.0274	-0.2159	-0.0314	-0.1158	0.1729	0.1449	0.019	0.1411	0.0269	0.059	0.0725	0.0111	0.07	27.7328	9.1009	17.0964
19	1.1203	-0.3704	-0.0201	1.8628	0.4805	1.1625	0.0306	0.0761	0.3346	-0.3669	-0.1958	-0.2722	-0.2762	0.209	-0.1222	0.1253	-0.0239	0.0122	0.0966	0.0446	0.1894	31.8055	22.095	27.4358

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 4 through 43 )	D
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 44 through 70 )	D
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 71 through 107 )	D
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 108 through 181 )	D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 182 through 256 )	D
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 4 through 93 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 94 through 256 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 4 through 43 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 44 through 70 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 71 through 93 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 94 through 119 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 120 through 181 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 182 through 256 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 4 through 43 )	C
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 44 through 70 )	C
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 71 through 93 )	C
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 94 through 119 )	C
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 120 through 181 )	C
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 182 through 256 )	C

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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