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- PDB-4fzs: Structure of human SNX1 BAR domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fzs
タイトルStructure of human SNX1 BAR domain
要素Sorting nexin-1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / BAR / membrane remodeling
機能・相同性
機能・相同性情報


retromer, tubulation complex / lamellipodium morphogenesis / leptin receptor binding / early endosome to Golgi transport / retromer complex / transferrin receptor binding / retrograde transport, endosome to Golgi / epidermal growth factor receptor binding / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport ...retromer, tubulation complex / lamellipodium morphogenesis / leptin receptor binding / early endosome to Golgi transport / retromer complex / transferrin receptor binding / retrograde transport, endosome to Golgi / epidermal growth factor receptor binding / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport / insulin receptor binding / receptor internalization / lamellipodium / early endosome membrane / vesicle / リソソーム / endosome membrane / エンドソーム / cadherin binding / protein heterodimerization activity / intracellular membrane-bounded organelle / ゴルジ体 / protein homodimerization activity / protein-containing complex / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Sorting nexin, N-terminal / Sorting nexin-1 / Sorting Nexin 1, PX domain / Sorting nexin, N-terminal domain / Sorting nexin Vps5-like, C-terminal / Vps5 C terminal like / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain ...Sorting nexin, N-terminal / Sorting nexin-1 / Sorting Nexin 1, PX domain / Sorting nexin, N-terminal domain / Sorting nexin Vps5-like, C-terminal / Vps5 C terminal like / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / AH/BAR domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者van Weering, J.R.T. / Sessions, R.B. / Traer, C.J. / Kloer, D.P. / Bhatia, V.K. / Stamou, D. / Hurley, J.H. / Cullen, P.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Molecular insight into vesicle-to-tubule membrane remodeling by SNX-BAR proteins
著者: van Weering, J.R.T. / Sessions, R.B. / Traer, C.J. / Kloer, D.P. / Bhatia, V.K. / Stamou, D. / Hurley, J.H. / Cullen, P.J.
履歴
登録2012年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-1
B: Sorting nexin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0522
ポリマ－53,0522
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area25350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.990, 118.090, 61.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Sorting nexin-1 /


分子量: 26526.121 Da / 分子数: 2 / 断片: BAR / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13596

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: 1-3% PEG 20K, 0.1 M Tris pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. all: 16580 / Num. obs: 15254 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 74.89 Å2
反射 シェル解像度: 2.8→3 Å / % possible all: 91.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化解像度: 2.8→19.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9137 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8912 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 719 4.71 %RANDOM
Rwork0.2282 ---
obs0.2296 15253 --
原子変位パラメータBiso mean: 85.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--28.0507 Å20 Å20 Å2
2---0.4105 Å20 Å2
3---28.4612 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.479 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3341 0 0 0 3341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013403HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.184576HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1280SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes116HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes467HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3403HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.65
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.64
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion429SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3800SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.99 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 115 4.29 %
Rwork0.2655 2566 -
all0.2676 2681 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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