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- PDB-4fyf: Structural basis for substrate recognition by a novel Legionella ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fyf
タイトルStructural basis for substrate recognition by a novel Legionella phosphoinositide phosphatase
要素SidF, inhibitor of growth family, member 3
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / mixed alpha-beta / phosphoinositide phosphatase / phosphoinositides (ホスファチジルイノシトール) / membrane (生体膜)
機能・相同性: / Phosphoinositide phosphatase / phosphatidylinositol phosphate phosphatase activity / 生体膜 / : / リン酸塩 / SidF, inhibitor of growth family, member 3
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.424 Å
データ登録者Hsu, F.S. / Zhu, W. / Brennan, L. / Tao, L. / Luo, Z.Q. / Mao, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis for substrate recognition by a unique Legionella phosphoinositide phosphatase.
著者: Hsu, F. / Zhu, W. / Brennan, L. / Tao, L. / Luo, Z.Q. / Mao, Y.
履歴
登録2012年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月5日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SidF, inhibitor of growth family, member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,8885
ポリマ－86,1911
非ポリマー6974
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.835, 115.709, 125.114
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SidF, inhibitor of growth family, member 3 /


分子量: 86191.359 Da / 分子数: 1
断片: N-terminal phosphatase domain of SidF (UNP Residues 1-760)
変異: C645S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg2584, sidF / プラスミド: PET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q5ZSD5, phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION / 水銀


分子量: 200.590 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH8.0, 10% PEG3350, and 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→50 Å / Num. all: 40322 / Num. obs: 39764 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 2.42→2.49 Å / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: SIRAS

解像度: 2.424→47.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 15.779 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.345 / ESU R Free: 0.267 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26971 1988 5 %RANDOM
Rwork0.21059 ---
obs0.21354 37660 98.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.81 Å20 Å20 Å2
2---3.35 Å20 Å2
3---1.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.424→47.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5890 0 8 69 5967
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.026018
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0291.9458114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6815744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.92225.397315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.066151114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6581533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1650.2871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214597
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.424→2.487 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 124 -
Rwork0.296 2225 -
obs--84.59 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.4762 Å / Origin y: 45.9109 Å / Origin z: 22.0993 Å
111213212223313233
T0.0534 Å2-0.0204 Å20.0454 Å2-0.0289 Å2-0.0283 Å2--0.0516 Å2
L0.9924 °2-0.6034 °2-0.3123 °2-1.9345 °20.7996 °2--1.303 °2
S0.1683 Å °-0.1154 Å °0.214 Å °-0.0393 Å °-0.0742 Å °-0.0654 Å °-0.16 Å °-0.0642 Å °-0.094 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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