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Yorodumi- PDB-4fwj: Native structure of LSD2/AOF1/KDM1b in spacegroup of I222 at 2.9A -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4fwj | ||||||
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Title | Native structure of LSD2/AOF1/KDM1b in spacegroup of I222 at 2.9A | ||||||
Components | Lysine-specific histone demethylase 1B | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / lsd2 / fad / histone demethylase / C4H2C2 / CW / epigenetic | ||||||
Function / homology | Function and homology information epigenetic programing of female pronucleus / genomic imprinting / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / histone demethylase activity / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / FAD binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / HDMs demethylate histones / UCH proteinases ...epigenetic programing of female pronucleus / genomic imprinting / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / histone demethylase activity / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / FAD binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / HDMs demethylate histones / UCH proteinases / nucleosome / flavin adenine dinucleotide binding / histone binding / oxidoreductase activity / chromatin remodeling / chromatin binding / chromatin / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Zhang, Q. / Chen, Z. | ||||||
Citation | Journal: Cell Res. / Year: 2013 Title: Structure-function analysis reveals a novel mechanism for regulation of histone demethylase LSD2/AOF1/KDM1b Authors: Zhang, Q. / Qi, S. / Xu, M. / Yu, L. / Tao, Y. / Deng, Z. / Wu, W. / Li, J. / Chen, Z. / Wong, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4fwj.cif.gz | 595.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4fwj.ent.gz | 489.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4fwj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4fwj_validation.pdf.gz | 955.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4fwj_full_validation.pdf.gz | 979.7 KB | Display | |
Data in XML | 4fwj_validation.xml.gz | 58.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4fwj_validation.cif.gz | 82.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/4fwj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/4fwj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4fweC 4fwfC 2hkoS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 89340.977 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 30-822 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: LSD2 / Plasmid: pet-28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8NB78, Oxidoreductases |
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-Non-polymers , 5 types, 474 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-K / | #5: Chemical | ChemComp-PO4 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.5 Å3/Da / Density % sol: 64.82 % |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 130 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BSRF / Beamline: 1W2B |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Jun 24, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. all: 55698 / Num. obs: 55566 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 15.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→2.95 Å / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.443 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2759 / Rsym value: 0.346 / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2HKO Resolution: 2.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 22.144 / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 3 / σ(I): 3 / ESU R: 0.911 / ESU R Free: 0.314 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.586 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.899→2.974 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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