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- PDB-4fwd: Crystal structure of the Lon-like protease MtaLonC in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fwd
タイトルCrystal structure of the Lon-like protease MtaLonC in complex with bortezomib
要素TTC1975 peptidase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Lon protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase La / ATP-dependent peptidase activity / protein catabolic process / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Lon protease, AAA domain / LonB-like, AAA domain / LonB, AAA+ ATPase LID domain, archaeal-type / Archaeal LonB, AAA+ ATPase LID domain / Lon proteolytic domain profile. / Peptidase S16, Lon proteolytic domain / Lon protease / Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 ...Lon protease, AAA domain / LonB-like, AAA domain / LonB, AAA+ ATPase LID domain, archaeal-type / Archaeal LonB, AAA+ ATPase LID domain / Lon proteolytic domain profile. / Peptidase S16, Lon proteolytic domain / Lon protease / Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BO2 / リン酸塩 / endopeptidase La
類似検索 - 構成要素
生物種Meiothermus taiwanensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Chang, C.I. / Kuo, C.I. / Huang, K.F.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structures of an ATP-independent Lon-like protease and its complexes with covalent inhibitors
著者: Liao, J.H. / Ihara, K. / Kuo, C.I. / Huang, K.F. / Wakatsuki, S. / Wu, S.H. / Chang, C.I.
履歴
登録2012年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月11日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TTC1975 peptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0383
ポリマ－80,5581
非ポリマー4792
水7,116395
1
A: TTC1975 peptidase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)486,22518
ポリマ－483,3506
非ポリマー2,87512
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area35740 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area138430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.920, 115.920, 135.869
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1080-

HOH

21A-1086-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TTC1975 peptidase / Lon-like protease MtaLonC


分子量: 80558.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Meiothermus taiwanensis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9DRU9, endopeptidase La
#2: 化合物 ChemComp-BO2 / N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE / BORTEZOMIB / ボルテゾミブ / ボルテゾミブ


分子量: 384.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H25BN4O4 / コメント: 薬剤, 抗がん剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.4 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 10% isopropanol, 200mM di-potassium phosphate, 100mM sodium citrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月4日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.582
11K, H, -L20.418
反射解像度: 2.02→50 Å / Num. all: 67494 / Num. obs: 65537 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 2.02→2.09 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.729 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 6268 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FW9

4fw9


解像度: 2.03→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.039 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.024 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19516 3308 5.1 %RANDOM
Rwork0.16952 ---
all0.17083 63388 --
obs0.17083 61537 97.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.921 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.96 Å2-0 Å2-0 Å2
2---13.96 Å2-0 Å2
3---27.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4504 0 33 395 4932
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0194638
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7251.9896298
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2985584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.8722.933208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.53815743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5011548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2070.2709
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.0213561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.029→2.082 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 233 -
Rwork0.323 4266 -
obs--92.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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