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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fuy | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the ERK2 complexed with EK2 | ||||||
![]() | Mitogen-activated protein kinase 1 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Signaling by Activin / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / ERKs are inactivated ...phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Signaling by Activin / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / ERKs are inactivated / response to epidermal growth factor / Signaling by MAP2K mutants / Signaling by NODAL / RSK activation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / regulation of cellular pH / positive regulation of macrophage proliferation / outer ear morphogenesis / Regulation of the apoptosome activity / regulation of Golgi inheritance / ERBB signaling pathway / labyrinthine layer blood vessel development / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / IFNG signaling activates MAPKs / Frs2-mediated activation / positive regulation of macrophage chemotaxis / lung morphogenesis / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / response to exogenous dsRNA / regulation of cytoskeleton organization / Activation of the AP-1 family of transcription factors / face development / ERK/MAPK targets / androgen receptor signaling pathway / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kang, Y.N. / Stuckey, J.A. / Xie, X. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the ERK2 complexed with EK2 著者: Kang, Y.N. / Stuckey, J.A. / Xie, X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 148.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 122.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41673.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P28482, ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-EK2 / { | ||||
#3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | ![]() #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.66 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM MES buffer, pH 6.5, 26-28% PEG-MME 2000, 200 mM ammonium sulfate and 20 mM 2-mercaptoethanol, vapor diffusion, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→55 Å / Num. obs: 25073 / % possible obs: 95 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Χ2: 1.113 / Net I/σ(I): 20.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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原子変位パラメータ | Biso max: 129.09 Å2 / Biso mean: 32.2511 Å2 / Biso min: 11.41 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.216 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→38.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.08 Å / Total num. of bins used: 13
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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