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万見
- PDB-4frf: Structural Studies and Protein Engineering of Inositol Phosphate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4frf
タイトルStructural Studies and Protein Engineering of Inositol Phosphate Multikinase
要素Inositol polyphosphate multikinase alpha
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / ATP Grasp / Inositol phosphate kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


発芽 / 花粉管 / pollen tube guidance / inositol-tetrakisphosphate 5-kinase / inositol tetrakisphosphate 5-kinase activity / myo-inositol-1,2,3,4,6-heptakisphosphate 5-kinase activity / イノシトール-ポリリン酸マルチキナーゼ / inositol-1,4,5-trisphosphate 6-kinase activity / inositol tetrakisphosphate 3-kinase activity / pollen tube growth ...発芽 / 花粉管 / pollen tube guidance / inositol-tetrakisphosphate 5-kinase / inositol tetrakisphosphate 5-kinase activity / myo-inositol-1,2,3,4,6-heptakisphosphate 5-kinase activity / イノシトール-ポリリン酸マルチキナーゼ / inositol-1,4,5-trisphosphate 6-kinase activity / inositol tetrakisphosphate 3-kinase activity / pollen tube growth / inositol tetrakisphosphate kinase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 3-kinase activity / pollen development / inositol phosphate biosynthetic process / embryo development ending in seed dormancy / kinase activity / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Inositol polyphosphate kinase / Inositol polyphosphate kinase / Inositol polyphosphate kinase superfamily / Inositol polyphosphate kinase / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inositol polyphosphate multikinase alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Endo-Streeter, S.T. / Tsui, M. / Odom, A.R. / York, J.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural studies and protein engineering of inositol phosphate multikinase.
著者: Endo-Streeter, S. / Tsui, M.K. / Odom, A.R. / Block, J. / York, J.D.
履歴
登録2012年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol polyphosphate multikinase alpha
B: Inositol polyphosphate multikinase alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0898
ポリマ－61,5132
非ポリマー5766
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area19700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.790, 130.790, 129.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Inositol polyphosphate multikinase alpha / Inositol polyphosphate 6-/3-/5-kinase alpha / AtIpk2-alpha / AtIpk2alpha


分子量: 30756.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g07370, AtIpmk alpha, IP3K, IPK2a, IPMK, T2I1.80
プラスミド: pET 15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9LY23, inositol-tetrakisphosphate 5-kinase, イノシトール-ポリリン酸マルチキナーゼ
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.42 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2.0M Ammonium sulfate 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→46 Å / Num. all: 28740 / Num. obs: 28740 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.95 % / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル解像度: 2.89→3.06 Å / 冗長度: 10.67 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique all: 4348 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 30.742 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.358 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25099 1420 4.9 %RANDOM
Rwork0.23873 ---
all0.23935 27320 --
obs0.23935 27320 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 99.945 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å20.39 Å20 Å2
2--0.78 Å20 Å2
3----1.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3444 0 30 0 3474
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223550
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9221.9514793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4515419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.10923.765170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.38515602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5111518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212654
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7891.52113
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.54423410
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.23831437
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6884.51383
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 99 -
Rwork0.309 1855 -
obs-1855 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9959-0.2394-0.65483.6405-0.77513.28880.1347-0.3559-0.17991.4444-0.26720.76560.5828-1.0740.13241.0525-0.7380.41910.9729-0.10481.0054-52.541.54164.999
21.91290.3728-0.2114.0988-0.51773.7460.0770.046-0.49830.7798-0.33270.26411.0915-0.50780.25560.8848-0.61640.1750.6695-0.07620.8949-43.37835.45256.987
31.9650.00490.18993.7561-0.96743.2262-0.05641.0359-0.189-0.6946-0.21890.08170.8255-0.38430.27540.3778-0.30350.00511.1655-0.11340.7651-40.10748.18125.923
42.6914-0.2206-0.15863.3834-0.73993.6290.02090.86630.3537-0.293-0.21140.2338-0.1401-0.44820.19040.2014-0.2123-0.03571.09570.11030.8083-40.70161.57127.663
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A41 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2A127 - 277
3X-RAY DIFFRACTION3B41 - 126
4X-RAY DIFFRACTION4B127 - 277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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