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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fop | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Peptidyl-tRNA hydrolase from Acinetobacter baumannii at 1.86 A resolution | ||||||
要素 | Peptidyl-tRNA hydrolaseAlternative ribosome-rescue factor B | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å | ||||||
データ登録者 | Kaushik, S. / Kumar, S. / Singh, N. / Sinha, M. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: The Mode of Inhibitor Binding to Peptidyl-tRNA Hydrolase: Binding Studies and Structure Determination of Unbound and Bound Peptidyl-tRNA Hydrolase from Acinetobacter baumannii 著者: Kaushik, S. / Singh, N. / Yamini, S. / Singh, A. / Sinha, M. / Arora, A. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4fop.cif.gz | 55.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4fop.ent.gz | 39.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4fop.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/4fop ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/4fop | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20967.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 株: ATCC19606 / 遺伝子: pth / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21 / 参照: UniProt: D0C9L6, peptidyl-tRNA hydrolase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PEG / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.57 % |
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結晶化 | 温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M HEPES Buffer, 25% PEG10000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月18日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→57.8 Å / Num. all: 18987 / Num. obs: 17986 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.93 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 18987 / Rsym value: 0.573 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2PTH 解像度: 1.86→57.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 3.095 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.029 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→57.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.86→1.93 Å / Total num. of bins used: 20
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