+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4fn7 | ||||||
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Title | Apo Structure of the Mtb enoyol CoA isomerase (Rv0632c) | ||||||
Components | Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein | ||||||
Keywords | ISOMERASE / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / crotonase superfamily | ||||||
Function / homology | Function and homology information enoyl-CoA hydratase / enoyl-CoA hydratase activity / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.25 Å | ||||||
Authors | Bruning, J.B. / Gao, N. / Hernandez, E.D. / Li, H. / Dang, N. / Hung, L.W. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: "Crystal Structure and Mechanism of the Prokaryotic Enoyl-CoA Isomerase (ECI)" Authors: Bruning, J.B. / Gao, N. / Hernandez, E.D. / Li, H. / Dang, N. / Hung, L.W. / Moran, S. / Sacchettini, J.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4fn7.cif.gz | 305.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4fn7.ent.gz | 250.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4fn7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/4fn7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/4fn7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24379.875 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) / Strain: H37Rv / Gene: echA3, MT0660, Rv0632c / Plasmid: pvp16 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P96907, enoyl-CoA hydratase #2: Chemical | ChemComp-CL / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 42.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 20% PEG3350, 0.1M MES 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 27, 2007 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Liquid Nitrogen cooled Dual Crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 3.68 % / Number: 612793 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 0.98 / D res high: 1.25 Å / D res low: 40.43 Å / Num. obs: 165230 / % possible obs: 96.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell | ID: 1
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Reflection | Resolution: 1.25→40.43 Å / Num. all: 165230 / Num. obs: 165230 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.68 % / Biso Wilson estimate: 13.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.25→36.33 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / SU ML: 0.19 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / Phase error: 17.23 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.71 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 17.29 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.25→36.33 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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