PDB-4fm4: Wild Type Fe-type Nitrile Hydratase from Comamonas testosteroni Ni1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fm4

タイトル

Wild Type Fe-type Nitrile Hydratase from Comamonas testosteroni Ni1

要素

Nitrile hydratase alpha subunit
Nitrile hydratase beta subunit

キーワード

LYASE (リアーゼ) / iron type hydratase /

Hydrolysis (加水分解) /

sulfinic acid (スルフィン酸)

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrile hydratase / indole-3-acetonitrile nitrile hydratase activity / : / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Comamonas testosteroni (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.384 Å

データ登録者

Kuhn, M.L. / Martinez, S. / Gumataotao, N. / Bornscheuer, U. / Liu, D. / Holz, R.C.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2012
タイトル: The Fe-type nitrile hydratase from Comamonas testosteroni Ni1 does not require an activator accessory protein for expression in Escherichia coli.
著者: Kuhn, M.L. / Martinez, S. / Gumataotao, N. / Bornscheuer, U. / Liu, D. / Holz, R.C.

履歴

登録	2012年6月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fm4.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fm4.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fm4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/4fm4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/4fm4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ahjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zge-1 4zge-7 4zge-8 4zgd-8 4zge-5 4zgj-8 4zgd-7 4zgj-7 4zge-6 4zgj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nitrile hydratase alpha subunit

B: Nitrile hydratase beta subunit

C: Nitrile hydratase alpha subunit

D: Nitrile hydratase beta subunit

E: Nitrile hydratase alpha subunit

F: Nitrile hydratase beta subunit

G: Nitrile hydratase alpha subunit

H: Nitrile hydratase beta subunit

I: Nitrile hydratase alpha subunit

J: Nitrile hydratase beta subunit

K: Nitrile hydratase alpha subunit

L: Nitrile hydratase beta subunit

M: Nitrile hydratase alpha subunit

N: Nitrile hydratase beta subunit

O: Nitrile hydratase alpha subunit

P: Nitrile hydratase beta subunit

ヘテロ分子

368 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Nitrile hydratase alpha subunit

B: Nitrile hydratase beta subunit

ヘテロ分子

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46 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Nitrile hydratase alpha subunit

D: Nitrile hydratase beta subunit

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3

E: Nitrile hydratase alpha subunit

F: Nitrile hydratase beta subunit

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4

G: Nitrile hydratase alpha subunit

H: Nitrile hydratase beta subunit

ヘテロ分子

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5

I: Nitrile hydratase alpha subunit

J: Nitrile hydratase beta subunit

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6

K: Nitrile hydratase alpha subunit

L: Nitrile hydratase beta subunit

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7

M: Nitrile hydratase alpha subunit

N: Nitrile hydratase beta subunit

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8

O: Nitrile hydratase alpha subunit

P: Nitrile hydratase beta subunit

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	111.401, 111.401, 475.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Nitrile hydratase alpha subunit 分子量: 23313.674 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J9PBS0*PLUS, nitrile hydratase
#2: タンパク質	Nitrile hydratase beta subunit 分子量: 22554.549 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J9PBS1*PLUS, nitrile hydratase
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1686 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.49 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.08 M K2HPO4, 0.49 M NaH2PO4, 25 or 30%(v/v) glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月20日
放射	モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.384→36.156 Å / Num. obs: 262123 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2.384→2.4108 Å / R_merge(I) obs: 0.602 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ahj

1ahj

解像度: 2.384→36.156 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2271	13140	5.02 %	Random
R_work	0.1882	-	-	-
obs	0.1902	261510	99.35 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.262 Å² / k_sol: 0.372 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	11.5339 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	11.5339 Å²	0 Å²
3-	-	-	-20.2005 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.384→36.156 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25584	0	48	1686	27318

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	26288
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.375	35768
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.093	9496
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.096	3944
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	4624

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.384-2.4108	0.3885	462	0.3318	8235	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4108-2.4392	0.3503	465	0.3319	8152	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4392-2.4689	0.332	432	0.3072	8297	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4689-2.5002	0.3158	440	0.287	8191	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5002-2.5331	0.3618	406	0.2956	8350	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5331-2.5678	0.3266	403	0.2819	8165	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5678-2.6044	0.334	474	0.2821	8344	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6044-2.6433	0.3142	428	0.2684	8261	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6433-2.6846	0.3237	383	0.2584	8264	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6846-2.7286	0.2714	412	0.2419	8368	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7286-2.7756	0.3003	416	0.2454	8254	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7756-2.8261	0.2918	446	0.2464	8226	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8261-2.8804	0.2895	464	0.2337	8293	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8804-2.9392	0.2839	438	0.2172	8293	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9392-3.0031	0.2637	435	0.2165	8342	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0031-3.0729	0.271	432	0.216	8297	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0729-3.1497	0.2689	428	0.2094	8193	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1497-3.2348	0.2721	435	0.2032	8353	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2348-3.3299	0.2331	437	0.1841	8318	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3299-3.4373	0.2287	450	0.1779	8261	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4373-3.5601	0.2232	442	0.1752	8348	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5601-3.7025	0.2098	461	0.16	8340	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7025-3.8708	0.187	454	0.1545	8235	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8708-4.0746	0.1699	452	0.1416	8263	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0746-4.3295	0.1783	457	0.1382	8335	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3295-4.6632	0.1652	439	0.1257	8288	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6632-5.1313	0.152	468	0.1275	8302	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1313-5.871	0.1894	423	0.1547	8393	X-RAY DIFFRACTION	100
5.871-7.3865	0.2173	451	0.1803	8294	X-RAY DIFFRACTION	100
7.3865-36.1604	0.1734	407	0.1691	8115	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0331	0.1538	0.0805	0.2796	0.2956	0.4112	0.0188	-0.0042	-0.3317	0.3611	0.1128	-0.3685	0.3948	0.6167	0.0121	0.3416	0.0692	-0.0088	0.6235	-0.0984	0.4083	52.0925	28.8663	77.3186
2	1.6299	0.0901	0.9417	0.6163	-0.2594	0.8582	-0.1271	-0.0612	0.0204	0.0158	0.0546	-0.0054	-0.0865	-0.0205	-0	0.2796	-0.0003	0.0055	0.3943	-0.0381	0.2702	37.5701	45.6861	96.6833
3	0.4992	0.4186	0.0112	0.4537	0.3475	0.4376	0.1317	-0.3009	-0.1407	0.0758	0.0403	0.0661	0.2777	0.2701	0.0006	0.3525	0.0346	0.0205	0.5118	-0.0165	0.323	30.7335	31.816	86.1474
4	0.055	0.041	-0.0732	0.0422	-0.0002	0.0963	-0.1629	0.072	0.0713	0.0582	0.1233	-0.3864	-0.1077	0.4212	0.0002	0.3567	0.0513	-0.0205	0.5578	-0.0649	0.3865	48.7202	31.991	76.2414
5	0.2676	-0.1089	-0.136	0.0565	0.0003	0.3179	0.1947	-0.1348	0.0739	0.0893	-0.0057	0.1709	-0.2051	0.4494	0.0027	0.2821	0.0074	0.0056	0.4279	-0.0047	0.386	37.1275	32.8218	71.2834
6	-0.0026	-0.0161	-0.0112	0.0249	0.0172	0.0117	-0.3492	0.4592	0.1182	-0.1293	0.318	-0.0543	-0.0871	0.1389	0.0001	0.5947	-0.0492	0.0674	0.7572	-0.1179	0.3956	47.1278	25.9166	61.1826
7	0.2811	0.1264	-0.1825	0.1055	0.0096	0.3062	0.0194	0.4523	0.0212	-0.5943	0.064	0.0067	-0.2127	0.2495	0.0053	0.4815	0.0236	-0.007	0.4356	-0.0337	0.3634	33.8335	37.2153	64.357
8	0.102	-0.0255	-0.0163	0.0614	0.0395	0.0479	-0.0732	0.0451	0.5973	-0.2723	0.2442	0.5355	-0.5408	-0.3367	0.0011	0.7683	-0.0027	-0.1203	0.3978	-0.0477	0.4708	24.056	62.8535	78.325
9	0.1932	0.0656	-0.0462	0.117	-0.173	0.1676	0.0826	-0.2055	-0.0981	-0.178	-0.0314	0.0903	0.1009	0.0209	0.0001	0.3119	-0.0152	-0.0346	0.3485	-0.0479	0.3534	23.4253	49.2705	75.5804
10	0.3846	-0.0993	0.2149	0.0363	-0.0589	0.1154	0.165	0.7132	0.1827	-0.1783	0.3527	-0.3421	-0.6227	0.491	0.0107	0.443	-0.1923	0.0552	0.5152	-0.0009	0.37	36.4456	50.8582	68.1834
11	0.0479	-0.096	0.1586	0.4048	-0.0637	0.2363	-0.0768	-0.0856	0.1893	0.0263	0.0131	0.0193	-0.3991	-0.0794	0	0.4015	-0.0094	-0.0216	0.3785	-0.0505	0.3814	22.628	52.3492	82.4545
12	0.4481	-0.3752	-0.1016	0.8502	-0.6729	1.1737	0.1831	-0.1174	-0.3186	0.0077	-0.1421	-0.1443	0.4207	0.2306	0.001	0.3849	0.065	0.0385	0.3398	0.0301	0.4038	-0.5816	10.3623	120.2782
13	0.2408	0.0307	0.3325	1.4537	-0.4648	0.778	0.0505	0.046	0.0169	0.0806	-0.0702	-0.0187	0.0265	-0.0064	0	0.3175	-0.0338	-0.0011	0.3981	0.017	0.2919	-4.416	23.9208	132.0722
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57	0.4941	-0.5426	0.3802	0.5466	-0.3363	1.0686	0.0778	0.3674	0.1575	0.1786	0.0539	0.1177	-0.4734	-0.4271	0.0013	0.4706	0.0831	0.0219	0.3068	0.0067	0.3284	9.5268	-1.4761	23.5905
58	0.6146	-0.3768	0.7221	1.238	-0.447	0.7059	0.0445	0.0398	-0.0142	0.0093	-0.0498	0.0466	-0.0387	0.0044	0.0001	0.3806	0.0495	0.04	0.3465	0.0071	0.2852	20.0279	-11.5827	12.4343
59	0.5682	-0.447	-0.4554	0.6007	-0.1267	0.6476	0.0565	0.1153	-0.0372	-0.1193	0.0445	-0.0381	-0.1752	-0.1101	0	0.3557	0.0572	0.0128	0.2972	0.0104	0.3347	9.3686	-15.8441	32.2475
60	0.0607	-0.0514	-0.2057	0.2198	0.0735	0.4913	0.0288	-0.2344	-0.173	0.3292	-0.02	-0.0371	-0.3185	-0.0112	-0.0001	0.4652	0.016	0.0275	0.4807	0.0123	0.4302	9.8361	-13.9528	45.7056
61	0.0544	-0.0257	0.059	0.2254	0.0595	0.1114	0.3816	-0.1105	-0.2117	0.4264	-0.135	-0.6485	0.0339	0.6138	0.0026	0.3804	-0.0931	-0.0142	0.6022	0.1193	0.4412	42.3366	-12.3143	30.3129
62	0.5659	0.053	0.0347	0.7099	-0.5454	0.4741	0.0193	-0.0137	0.0307	-0.0064	-0.1214	-0.0756	-0.2014	0.2701	0	0.3305	-0.0062	0.0109	0.3134	0.0434	0.2947	31.3376	-16.4498	31.7787

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 2:41)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 42:207)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resseq 1:27)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 28:43)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 44:82)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 83:94)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 95:114)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 115:127)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 128:152)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 153:169)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 170:206)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resseq 2:73)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resseq 74:207)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resseq 1:67)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resseq 68:113)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resseq 114:127)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resseq 128:206)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resseq 2:41)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resseq 42:207)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resseq 1:82)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resseq 83:113)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resseq 114:127)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resseq 128:206)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'G' and (resseq 2:54)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'G' and (resseq 55:207)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'H' and (resseq 1:27)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'H' and (resseq 28:42)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'H' and (resseq 43:82)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'H' and (resseq 83:113)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'H' and (resseq 114:127)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'H' and (resseq 128:152)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'H' and (resseq 153:169)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'H' and (resseq 170:206)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'I' and (resseq 2:41)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'I' and (resseq 42:207)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'J' and (resseq 1:94)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'J' and (resseq 95:127)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'J' and (resseq 128:206)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'K' and (resseq 2:73)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'K' and (resseq 74:207)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'L' and (resseq 1:27)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'L' and (resseq 28:42)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'L' and (resseq 43:67)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'L' and (resseq 68:82)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'L' and (resseq 83:94)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'L' and (resseq 95:114)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'L' and (resseq 115:127)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'L' and (resseq 128:152)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'L' and (resseq 153:169)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'L' and (resseq 170:206)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'M' and (resseq 2:41)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'M' and (resseq 42:207)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'N' and (resseq 1:82)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'N' and (resseq 83:114)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'N' and (resseq 115:127)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'N' and (resseq 128:206)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'O' and (resseq 2:73)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'O' and (resseq 74:207)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'P' and (resseq 1:82)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'P' and (resseq 83:115)
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'P' and (resseq 116:127)
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'P' and (resseq 128:206)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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