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- PDB-4fj2: Crystal structure of the ternary complex between a fungal 17beta-... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4fj2 | ||||||
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Title | Crystal structure of the ternary complex between a fungal 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase (Holo form) and biochanin A | ||||||
![]() | 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase | ||||||
![]() | oxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / Short chain Dehydrogenase/Reductase / ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cassetta, A. / Lamba, D. / Krastanova, I. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for inhibition of 17 beta-hydroxysteroid dehydrogenases by phytoestrogens: The case of fungal 17 beta-HSDcl. Authors: Cassetta, A. / Stojan, J. / Krastanova, I. / Kristan, K. / Brunskole Svegelj, M. / Lamba, D. / Rizner, T.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 415 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 340.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3qwhC ![]() 4fj0C ![]() 4fj1C ![]() 3qwiS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 0
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 28936.545 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O93874, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase #2: Chemical | ChemComp-NAP / ![]() #3: Chemical | ChemComp-EDO / ![]() #4: Chemical | ![]() #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.68 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 30% (W/V) PEG 2000 MME, 0.1M KCNS, 5mM NADP, Crystals soaked for 24 hours in: 30% (W/V) PEG 2000 MME, 0.1M KCNS, 1mM NADP, 5% (V/V) DMSO, 2 mM biochanin A , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING ...Details: 30% (W/V) PEG 2000 MME, 0.1M KCNS, 5mM NADP, Crystals soaked for 24 hours in: 30% (W/V) PEG 2000 MME, 0.1M KCNS, 1mM NADP, 5% (V/V) DMSO, 2 mM biochanin A , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jul 16, 2010 / Details: Platinum coated cylindrical mirror |
Radiation | Monochromator: Si (1 1 1) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.3→35 Å / Num. all: 32695 / Num. obs: 32695 / % possible obs: 76.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 39.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 19 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Redundancy: 2.27 % / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 6.63 / Num. unique all: 1574 / % possible all: 50.1 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: pdb entry 3QWI Resolution: 2.5→33.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 19.135 / SU ML: 0.192 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.323 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.813 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.278 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→33.43 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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