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万見
- PDB-4fix: Crystal Structure of GlfT2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fix
タイトルCrystal Structure of GlfT2
要素UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Galactofuranosyltransferase / CAZY GT-2 family / Glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) / Carbohydrate binding (炭水化物) / Membrane (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


galactofuranosylgalactofuranosylrhamnosyl-N-acetylglucosaminyl-diphospho-decaprenol beta-1,5/1,6-galactofuranosyltransferase / lipopolysaccharide-1,6-galactosyltransferase activity / lipopolysaccharide-1,5-galactosyltransferase activity / UDP-D-galactose metabolic process / cell wall macromolecule biosynthetic process / cell wall polysaccharide biosynthetic process / UDP-galactosyltransferase activity / mycolate cell wall layer assembly / capsule polysaccharide biosynthetic process / lipopolysaccharide biosynthetic process ...galactofuranosylgalactofuranosylrhamnosyl-N-acetylglucosaminyl-diphospho-decaprenol beta-1,5/1,6-galactofuranosyltransferase / lipopolysaccharide-1,6-galactosyltransferase activity / lipopolysaccharide-1,5-galactosyltransferase activity / UDP-D-galactose metabolic process / cell wall macromolecule biosynthetic process / cell wall polysaccharide biosynthetic process / UDP-galactosyltransferase activity / mycolate cell wall layer assembly / capsule polysaccharide biosynthetic process / lipopolysaccharide biosynthetic process / glycosyltransferase activity / cell wall organization / transferase activity / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A - #60 / Galactofuranosyltransferase GlfT2, N-terminal / Galactofuranosyltransferase-2, C-terminal / Galactofuranosyltransferase 2 N-terminal / Galactofuranosyltransferase-2, domain 3 / Glycosyltransferase like family 2 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-メルカプトエタノール / : / Galactofuranosyltransferase GlfT2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Wheatley, R.W. / Zheng, R.B. / Lowary, T.L. / Ng, K.K.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Tetrameric Structure of the GlfT2 Galactofuranosyltransferase Reveals a Scaffold for the Assembly of Mycobacterial Arabinogalactan.
著者: Wheatley, R.W. / Zheng, R.B. / Richards, M.R. / Lowary, T.L. / Ng, K.K.
履歴
登録2012年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22012年10月17日Group: Derived calculations
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2
B: UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,0989
ポリマ－147,5422
非ポリマー5567
水7,422412
1
A: UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2
ヘテロ分子

A: UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2
ヘテロ分子

A: UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2
ヘテロ分子

A: UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,40820
ポリマ－295,0834
非ポリマー1,32516
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_645-y+3/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_565y+1/2,-x+3/2,z1
2
B: UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2
ヘテロ分子

B: UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2
ヘテロ分子

B: UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2
ヘテロ分子

B: UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)295,98416
ポリマ－295,0834
非ポリマー90112
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)150.791, 150.791, 148.016
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2 / GalTr / Beta-D-(1-5)galactofuranosyltransferase / Beta-D-(1-6)galactofuranosyltransferase / UDP- ...GalTr / Beta-D-(1-5)galactofuranosyltransferase / Beta-D-(1-6)galactofuranosyltransferase / UDP-Galf:alpha-3-L-rhamnosyl-alpha-D-GlcNAc-pyrophosphate polyprenol / UDP-galactofuranosyl transferase


分子量: 73770.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: glfT2, Rv3808c, RV38308c / プラスミド: pET-15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3)
参照: UniProt: O53585, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル / 2-メルカプトエタノール


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 7% (w/v) PEG 4000, 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, 100 mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.0442 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0442 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→40 Å / Num. all: 59863 / Num. obs: 59863 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 56.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.942 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 6192 / Rsym value: 0.942 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.45→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 15.503 / SU ML: 0.162
Isotropic thermal model: isotropic atomic model plus TLS anisotropic model for domains
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.348 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: TLSANL was used to determine the TLS-anisotropic components of temperature factors for all atoms as obtained by refining TLS parameters for individual domains
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22228 3195 5.1 %RANDOM
Rwork0.18463 ---
all0.18657 59863 --
obs0.18657 59863 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.45 Å20 Å20 Å2
2---1.45 Å20 Å2
3---2.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9966 0 30 412 10408
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02210259
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0541.94713974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5251256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.22922.75480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.935151630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4741596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217930
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.28926300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2312.510176
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2453.53959
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9364.53798
LS精密化 シェル解像度: 2.451→2.514 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 229 -
Rwork0.243 4345 -
obs-4345 99.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.74430.03730.43610.87110.36971.0093-0.0306-0.1162-0.04170.04730.05350.11720.0302-0.1265-0.02290.0475-0.0189-0.00010.06830.03460.0525129.0662.99464.733
21.4639-0.24940.20171.4120.27370.95480.0773-0.083-0.45980.00040.05380.12620.18880.0018-0.13120.0762-0.0268-0.06490.02380.03740.1853132.63740.26753.361
35.3312-0.1934-1.79110.33150.01812.21630.23580.6595-0.6651-0.2604-0.20150.2730.2806-0.0397-0.03430.34420.1365-0.24020.2259-0.25330.3521140.26530.8331.001
43.00950.02921.08251.64321.81963.44810.20170.54170.0349-0.3912-0.10960.0726-0.28260.1464-0.09220.16830.1001-0.03310.178-0.06050.0778164.13943.34129.273
50.71250.318-0.20720.7567-0.48651.1419-0.0407-0.05420.00890.0136-0.0295-0.0305-0.04310.17170.07020.0453-0.01750.00890.07510.01020.037296.35113.36946.687
61.12950.1413-0.1111.3083-0.27111.3887-0.01210.06350.2067-0.03180.01310.0489-0.32470.0343-0.00110.1515-0.0459-0.01840.0410.04040.068991.90736.06535.44
74.84480.43921.16520.7142-0.57982.5484-0.11520.75860.3382-0.20160.0276-0.0395-0.3175-0.05270.08760.424-0.0267-0.02390.28380.18050.162983.8645.213.047
83.95591.3164-0.40312.7852-0.55254.0617-0.21450.995-0.1437-0.38180.28670.14380.1356-0.0979-0.07220.28990.0145-0.07620.39310.00870.06860.60331.46111.205
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 157
2X-RAY DIFFRACTION2A158 - 405
3X-RAY DIFFRACTION3A406 - 492
4X-RAY DIFFRACTION3A580 - 629
5X-RAY DIFFRACTION4A493 - 579
6X-RAY DIFFRACTION5B1 - 157
7X-RAY DIFFRACTION6B158 - 405
8X-RAY DIFFRACTION7B406 - 492
9X-RAY DIFFRACTION7B580 - 629
10X-RAY DIFFRACTION8B493 - 579

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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