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- PDB-4fhn: Nup37-Nup120 full-length complex from Schizosaccharomyces pombe -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fhn
タイトルNup37-Nup120 full-length complex from Schizosaccharomyces pombe
要素
  • Glutamate dehydrogenaseグルタミン酸デヒドロゲナーゼ
  • NUCLEOPORIN NUP37
  • Nucleoporin nup120
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/OXIDOREDUCTASE (構造) / PROTEIN COMPLEX (タンパク質複合体) / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / NUCLEAR PORE COMPLEX (核膜孔) / MRNA TRANSPORT / PROTEIN TRANSPORT / WD REPEAT (WD40リピート) / HELICAL DOMAIN / TRANSLOCATION / TRANSPORT / ROSSMANN FOLD (ロスマンフォールド) / DEHYDROGENASE (脱水素酵素) / NADP BINDING DOMAIN / STRUCTURAL PROTEIN-OXIDOREDUCTASE complex (構造)
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of chromatin organization proteins / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Transcriptional regulation by small RNAs / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] activity ...Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of chromatin organization proteins / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Transcriptional regulation by small RNAs / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / nuclear pore outer ring / structural constituent of nuclear pore / nucleocytoplasmic transport / amino acid metabolic process / poly(A)+ mRNA export from nucleus / 核膜孔 / nuclear periphery / 核膜 / nucleotide binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
: / Nucleoporin NUP120, helical domain / Nucleoporin Nup120/160 / Nucleoporin Nup37 / Nucleoporin Nup120/160 / グルタミン酸デヒドロゲナーゼ / NAD(P) binding domain of glutamate dehydrogenase / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase ...: / Nucleoporin NUP120, helical domain / Nucleoporin Nup120/160 / Nucleoporin Nup37 / Nucleoporin Nup120/160 / グルタミン酸デヒドロゲナーゼ / NAD(P) binding domain of glutamate dehydrogenase / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, C-terminal / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized WD repeat-containing protein C4F10.18 / Nucleoporin nup120 / グルタミン酸デヒドロゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.989 Å
データ登録者Bilokapic, S. / Schwartz, T.U.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Molecular basis for Nup37 and ELY5/ELYS recruitment to the nuclear pore complex.
著者: Bilokapic, S. / Schwartz, T.U.
履歴
登録2012年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Structure summary
改定 1.22013年1月9日Group: Database references
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42023年7月12日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEOPORIN NUP37
B: Nucleoporin nup120
C: NUCLEOPORIN NUP37
D: Nucleoporin nup120
X: Glutamate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)395,2485
ポリマ－395,2485
非ポリマー00
水0
1
A: NUCLEOPORIN NUP37
B: Nucleoporin nup120


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 173 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,1922
ポリマ－173,1922
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area65950 Å2
手法PISA
2
C: NUCLEOPORIN NUP37
D: Nucleoporin nup120


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 173 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,1922
ポリマ－173,1922
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area63690 Å2
手法PISA
3
X: Glutamate dehydrogenase
x 6


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 293 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)293,1866
ポリマ－293,1866
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/21
crystal symmetry operation11_654-x+y+1,y,-z-1/21
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/21
Buried area24980 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area90760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)329.999, 329.999, 350.262
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain 'A' and (resseq 5:83 or resseq 96:216 or resseq 231:283 or resseq 299:389 )A5 - 83
121chain 'A' and (resseq 5:83 or resseq 96:216 or resseq 231:283 or resseq 299:389 )A96 - 216
131chain 'A' and (resseq 5:83 or resseq 96:216 or resseq 231:283 or resseq 299:389 )A231 - 283
141chain 'A' and (resseq 5:83 or resseq 96:216 or resseq 231:283 or resseq 299:389 )A299 - 389
211chain 'C' and (resseq 5:83 or resseq 96:216 or resseq 231:283 or resseq 299:389 )C5 - 83
221chain 'C' and (resseq 5:83 or resseq 96:216 or resseq 231:283 or resseq 299:389 )C96 - 216
231chain 'C' and (resseq 5:83 or resseq 96:216 or resseq 231:283 or resseq 299:389 )C231 - 283
241chain 'C' and (resseq 5:83 or resseq 96:216 or resseq 231:283 or resseq 299:389 )C299 - 389
112chain 'B' and (resseq 1:29 or resseq 49:208 or resseq 233:397 or resseq 404:445 or resseq 450:555 )B1 - 29
122chain 'B' and (resseq 1:29 or resseq 49:208 or resseq 233:397 or resseq 404:445 or resseq 450:555 )B49 - 208
132chain 'B' and (resseq 1:29 or resseq 49:208 or resseq 233:397 or resseq 404:445 or resseq 450:555 )B233 - 397
142chain 'B' and (resseq 1:29 or resseq 49:208 or resseq 233:397 or resseq 404:445 or resseq 450:555 )B404 - 445
152chain 'B' and (resseq 1:29 or resseq 49:208 or resseq 233:397 or resseq 404:445 or resseq 450:555 )B450 - 555
212chain 'D' and (resseq 1:29 or resseq 49:208 or resseq 233:397 or resseq 404:445 or resseq 450:555 )D1 - 29
222chain 'D' and (resseq 1:29 or resseq 49:208 or resseq 233:397 or resseq 404:445 or resseq 450:555 )D49 - 208
232chain 'D' and (resseq 1:29 or resseq 49:208 or resseq 233:397 or resseq 404:445 or resseq 450:555 )D233 - 397
242chain 'D' and (resseq 1:29 or resseq 49:208 or resseq 233:397 or resseq 404:445 or resseq 450:555 )D404 - 445
252chain 'D' and (resseq 1:29 or resseq 49:208 or resseq 233:397 or resseq 404:445 or resseq 450:555 )D450 - 555

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細The biological unit is a dimer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B and chains C & D). Chain X is a part of another biological unit that is a hexamer. The hexamer is generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: x,y,z and -y,x-y-1,z and -x+y+1,-x,z and -y,-x,-z-1/2 and x,x-y-1,-z-1/2 and -x+y+1,y,-z-1/2. Chain B makes an interactions with chain X. This interaction is structural, not biological.

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要素

#1: タンパク質 NUCLEOPORIN NUP37 / Uncharacterized WD repeat-containing protein C4F10.18 / NUP37


分子量: 43048.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: Nup37, SPAC4F10.18 / プラスミド: modified pETduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O36030
#2: タンパク質 Nucleoporin nup120 / Nuclear pore protein nup120


分子量: 130143.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: nup120, SPBC3B9.16c / プラスミド: modified pETduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O43044
#3: タンパク質 Glutamate dehydrogenase / グルタミン酸デヒドロゲナーゼ


分子量: 48864.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: ECs2467, gdhA, Z2793 / プラスミド: modified pETduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8XDW9

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.34 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM Bis-Tris/HCl pH 5.75-6.5, 1.75-2.25 M NaCl , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6.984→95.117 Å / Num. obs: 18313 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 22.4 % / Rsym value: 0.268 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.026 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
6.98-7.2318.80.33152216762.62395.9
7.23-7.523.80.44081317132.104100
7.5-7.81240.53935716381.458100
7.81-8.1623.90.83771015810.975100
8.16-8.5523.81.23582915080.619100
8.55-9.0223.423373914420.381100
9.02-9.5623.32.93187213690.262100
9.56-10.2222.84.52979213040.166100
10.22-11.0422.55.52730112140.137100
11.04-12.122.46.32499511180.116100
12.1-13.5321.76.92219410210.103100
13.53-15.6221.47.3197169200.099100
15.62-19.1320.38.5160797940.084100
19.13-27.052011.6126666340.059100
27.05-95.11716.211.459053650.04595.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 6.989→95.117 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 1.93 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3456 939 5.13 %
Rwork0.2854 --
obs0.2884 18313 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 661.573 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 1070.9 Å2 / Biso mean: 672.6255 Å2 / Biso min: 217.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.9001 Å2-0 Å20 Å2
2--11.9001 Å20 Å2
3----23.8002 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.989→95.117 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24772 0 0 0 24772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00625317
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26734368
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0763956
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064336
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9629113
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2638X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.031
12C2638X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.031
21B4013X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.032
22D4013X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.032
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
6.9892-7.35760.49351400.44722346248697
7.3576-7.81850.38881440.348824222566100
7.8185-8.42190.31321520.245124392591100
8.4219-9.26910.2731320.189424482580100
9.2691-10.60930.27071240.188425052629100
10.6093-13.36270.28141250.202225262651100
13.3627-108.03040.47261220.42022688281099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9934-0.4311-0.22370.9894-0.73862.0564-0.98640.61461.31.5264-0.50740.0503-0.1973-1.46070.46643.37411.7280.11642.9624-0.09876.570756.7424-72.688-36.7514
21.06020.65090.72361.06880.43540.3255-0.5549-0.3012-0.03980.7533-0.0154-1.174-0.5257-0.6168-0.5143.8292-0.6331-0.85662.67040.42059.70447.6842-52.7549-39.3912
30.88730.6044-0.56130.6119-0.27760.28490.17050.4190.17390.85251.3799-0.11950.0731-0.2448-0.2115.74550.0404-1.5723.96620.63823.198265.1056-55.3641-27.7706
41.82430.3997-1.12490.9811-0.34490.6748-1.43490.8371-1.2209-0.7975-0.5283-0.317-2.51060.55780.33415.4876-0.5536-1.15734.35760.14044.603775.72895.7386-51.9883
50.77891.1474-1.59191.0070.02592.4633-0.081-0.09450.00470.9549-0.55551.90910.1041-1.3817-0.50614.01471.774-0.83022.3519-0.77974.347656.3302-13.386-46.3882
61.7454-0.90560.81231.7467-0.45011.5411-1.36521.69021.04551.84380.0330.6898-0.0048-0.4964-0.13564.09020.3535-0.7763.6094-0.60823.352548.7488-30.0256-64.9422
71.7059-1.37471.31644.56740.69081.93992.45511.4942.7739-0.4733-0.29080.2459-0.69520.5232-0.83762.60160.7521-0.03593.89410.67645.548474.2249-59.9329-63.2717
80.69480.21661.72583.0721-1.82564.4305-0.1351-0.40941.50211.136-2.6194-0.2796-0.54234.08570.86693.31380.55180.29084.0860.32152.8089101.4262-81.6445-39.6768
90.0994-0.03880.02110.1075-0.15250.1403-0.3598-0.0164-0.27330.2089-0.0019-0.0350.37590.1425-0.3826.54031.452-0.749910.05440.20157.315118.082-55.267310.5324
100.86120.5059-0.6146-0.0147-0.23560.5477-0.9413-1.48681.40490.2885-0.3070.1308-0.1796-0.8089-0.91665.2702-1.543-0.39876.7357-0.49514.4427106.7693-42.537624.744
110.5641-0.3470.04650.01920.1591-0.0292-0.3096-0.3591-0.27630.11440.274-1.8245-0.5394-0.33810.10874.04120.7953-0.83127.8568-0.98765.424596.8639-55.483411.2287
121.32830.22610.7580.2620.21761.29310.5894-1.71440.3320.80370.1132-0.0588-1.4917-1.30560.02854.0141-0.24490.4023.85030.3313.736254.9493-57.507762.4939
130.25520.1513-0.3053-0.0322-0.69380.8224-0.2299-0.6732.2621-0.4101-2.48580.4255-1.39410.3662-0.70655.03060.15190.37364.8196-1.93233.790175.2135-42.986450.9904
140.45680.01010.88731.22680.35940.78040.36040.15740.25060.6658-0.4999-0.4628-1.2388-0.32950.10253.5429-1.08120.47265.0977-0.87074.339399.4863-46.820256.9751
150.61160.1835-0.67110.1992-0.08911.1396-0.6429-0.2265-0.3612-1.1154-0.081-1.03970.3195-0.282-0.376.22881.7535-1.86278.2256-3.44174.2742112.0395-75.227429.6698
160.0191-0.00250.21390.0688-0.25340.1663-0.19520.0968-1.20971.26881.0938-0.7631.9946-0.7522-0.46416.02751.3870.72925.85740.45724.4976109.5496-92.6798-6.0007
171.7037-0.15980.02850.155-0.5312.14331.01051.5247-0.2250.2335-1.25160.80891.9721-0.4213-0.08683.27630.67220.62392.75760.08971.6775143.8535-86.6447-76.7548
181.5589-2.38330.68979.45294.25546.10360.3236-0.54550.8076-2.9555-1.8822-0.3163-1.21840.97530.66322.70750.4251-0.6942.99910.38133.9069129.7192-89.6753-50.6974
193.19092.1289-1.98972.43630.71914.66570.9689-1.20793.50430.6310.13092.28532.2439-1.0655-0.1481.8650.1669-0.49923.35390.59143.569147.4979-79.8791-58.5237
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 5:106)A5 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 107:272)A107 - 272
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 273:389)A273 - 389
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 1:345)B1 - 345
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 346:552)B346 - 552
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 553:838)B553 - 838
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 839:967)B839 - 967
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 968:1126)B968 - 1126
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resseq 5:106)C5 - 106
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resseq 107:272)C107 - 272
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resseq 273:389)C273 - 389
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resseq 1:345)D1 - 345
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resseq 346:552)D346 - 552
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resseq 553:838)D553 - 838
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resseq 839:967)D839 - 967
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resseq 968:1126)D968 - 1126
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'X' and (resseq 6:209)X6 - 209
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'X' and (resseq 210:352)X210 - 352
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'X' and (resseq 353:447)X353 - 447

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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