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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4f5v | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Leporine Serum Albumin | ||||||
要素 | Serum albumin | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Leporine Serum Albumin / helical structure | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / fatty acid binding / oxygen binding / pyridoxal phosphate binding / protein-folding chaperone binding / ゴルジ体 ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / fatty acid binding / oxygen binding / pyridoxal phosphate binding / protein-folding chaperone binding / ゴルジ体 / 小胞体 / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å | ||||||
データ登録者 | Bujacz, A. / Bujacz, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012 タイトル: Structures of bovine, equine and leporine serum albumin. 著者: Bujacz, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4f5v.cif.gz | 249.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4f5v.ent.gz | 204 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4f5v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/4f5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/4f5v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66173.562 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-608, mature form of albumin / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 株: Thorbecke / 参照: UniProt: G1U9S2 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-PG4 / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.14 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.94 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月27日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Double crystal monochromator Si-111 プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.94 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.27→50 Å / Num. obs: 27095 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 45.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 15.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.27→2.35 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / Num. unique all: 1790 / % possible all: 63 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4F5S, 1AO6 解像度: 2.27→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 10.296 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.409 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.054 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.27→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.273→2.332 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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