PDB-4f2f: Crystal structure of the metal binding domain (MBD) of the Strept...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f2f

タイトル

Crystal structure of the metal binding domain (MBD) of the Streptococcus pneumoniae D39 Cu(I) exporting P-type ATPase CopA with Cu(I)

要素

Cation-transporting ATPase, E1-E2 family protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / cupredoxin fold / Cu(I) binding

機能・相同性

機能・相同性情報

Cu2+-exporting ATPase / ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 /

hydrolase activity /

ATP binding /

metal ion binding /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Fu, Y. / Dann III, C.E. / Giedroc, D.P.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: A new structural paradigm in copper resistance in Streptococcus pneumoniae.
著者: Fu, Y. / Tsui, H.C. / Bruce, K.E. / Sham, L.T. / Higgins, K.A. / Lisher, J.P. / Kazmierczak, K.M. / Maroney, M.J. / Dann, C.E. / Winkler, M.E. / Giedroc, D.P.

履歴

登録	2012年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月13日	Group: Database references
改定 1.2	2013年3月6日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f2f.cif.gz	35.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f2f.ent.gz	23.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f2f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/4f2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/4f2f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4f2eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1j6q-d 2mkw-d 1oax-4 4unv-d 4lwu-d 4fxv-1 2apb-d 4xdx-d 5acm-2 6rbb-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (6) #51 - 2004年3月カルシウムポンプ (Calcium Pump) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Cation-transporting ATPase, E1-E2 family protein

ヘテロ分子

11.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.455, 37.329, 69.294
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cation-transporting ATPase, E1-E2 family protein / CopA 分子量: 11345.005 Da / 分子数: 1 / 断片: metal binding domain (UNP residues 1-99) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: D39 / NCTC 7466 / 遺伝子: SPD0635, SPD_0635 / プラスミド: pHis / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q04LG7, UniProt: A0A0H2ZQ91*PLUS, Cu2+-exporting ATPase
#2: 化合物	ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION / 銅分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 28% w/v PEG2000 MME, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	93	1
2	113	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	4.2.2		1	1.37757
回転陽極			RIGAKU	2	1.54178

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
NOIR-1	1	CCD	2011年4月22日
RIGAKU RAXIS IV++	2	IMAGE PLATE	2011年4月19日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	sagitally focused Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	osmic mirrors	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.37757	1
2	1.54178	1

反射

解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 16959 / Num. obs: 16813 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 43

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.45-1.48	10.6	0.363	6.3	1,2	100
1.48-1.5	10.9	0.284	8.2	1,2	100
1.5-1.53	11.1	0.23	9.6	1,2	100
1.53-1.56	11.1	0.188	11.1	1,2	100
1.56-1.6	11.2	0.161	13.1	1,2	100
1.6-1.63	11.2	0.141	14.6	1,2	100
1.63-1.67	11.3	0.118	18.6	1,2	100
1.67-1.72	11.3	0.101	21.3	1,2	100
1.72-1.77	11.5	0.091	22.3	1,2	100
1.77-1.83	11.5	0.077	25.6	1,2	100
1.83-1.89	11.5	0.069	26.2	1,2	100
1.89-1.97	11.6	0.06	29.2	1,2	100
1.97-2.06	11.8	0.054	33.2	1,2	100
2.06-2.17	11.7	0.049	38.2	1,2	100
2.17-2.3	11.8	0.045	38.5	1,2	100
2.3-2.48	11.8	0.04	39.2	1,2	99.9
2.48-2.73	11.9	0.038	45	1,2	100
2.73-3.12	11.7	0.034	44.7	1,2	99.9
3.12-3.94	11.6	0.028	51.7	1,2	100
3.94-50	11.8	0.023	48.7	1,2	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→20.645 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.243	1567	10.24 %	RANDOM
R_work	0.2134	-	-	-
obs	0.2166	15310	99.96 %	-
all	-	15410	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.04 Å / VDWプローブ半径: 0.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.939 Å² / k_sol: 0.409 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.0013 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.5114 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20.645 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	783	0	3	123	909

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	805
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.766	1083
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.56	305
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	117
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	141

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5484	0.2561	124	0.232	1245	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5484-1.6037	0.2672	146	0.2082	1215	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6037-1.6679	0.2503	139	0.1979	1219	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6679-1.7438	0.23	141	0.2099	1226	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7438-1.8357	0.2425	144	0.2192	1242	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8357-1.9506	0.2467	154	0.2195	1212	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9506-2.1011	0.2701	155	0.2234	1237	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1011-2.3123	0.2631	132	0.22	1255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3123-2.6463	0.2354	135	0.2243	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6463-3.3317	0.271	143	0.2236	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3317-20.6471	0.2125	154	0.1971	1353	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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