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- PDB-4f2f: Crystal structure of the metal binding domain (MBD) of the Strept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f2f
タイトルCrystal structure of the metal binding domain (MBD) of the Streptococcus pneumoniae D39 Cu(I) exporting P-type ATPase CopA with Cu(I)
要素Cation-transporting ATPase, E1-E2 family protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / cupredoxin fold / Cu(I) binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Cu2+-exporting ATPase / ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
EfeO-type cupredoxin-like domain / Cupredoxin-like domain / P-type ATPase, subfamily IB / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / Cupredoxins - blue copper proteins ...EfeO-type cupredoxin-like domain / Cupredoxin-like domain / P-type ATPase, subfamily IB / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / Cation-transporting ATPase, E1-E2 family protein / Cation-transporting ATPase, E1-E2 family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Fu, Y. / Dann III, C.E. / Giedroc, D.P.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / : 2013
タイトル: A new structural paradigm in copper resistance in Streptococcus pneumoniae.
著者: Fu, Y. / Tsui, H.C. / Bruce, K.E. / Sham, L.T. / Higgins, K.A. / Lisher, J.P. / Kazmierczak, K.M. / Maroney, M.J. / Dann, C.E. / Winkler, M.E. / Giedroc, D.P.
履歴
登録2012年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月13日Group: Database references
改定 1.22013年3月6日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cation-transporting ATPase, E1-E2 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5084
ポリマ-11,3451
非ポリマー1633
2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.455, 37.329, 69.294
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cation-transporting ATPase, E1-E2 family protein / CopA


分子量: 11345.005 Da / 分子数: 1 / 断片: metal binding domain (UNP residues 1-99) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
: D39 / NCTC 7466 / 遺伝子: SPD0635, SPD_0635 / プラスミド: pHis / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q04LG7, UniProt: A0A0H2ZQ91*PLUS, Cu2+-exporting ATPase
#2: 化合物 ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION /


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cu
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 28% w/v PEG2000 MME, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1931
21131
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンALS 4.2.211.37757
回転陽極RIGAKU21.54178
検出器
タイプID検出器日付
NOIR-11CCD2011年4月22日
RIGAKU RAXIS IV++2IMAGE PLATE2011年4月19日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1sagitally focused Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2osmic mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.377571
21.541781
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 16959 / Num. obs: 16813 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 43
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.45-1.4810.60.3636.31,2100
1.48-1.510.90.2848.21,2100
1.5-1.5311.10.239.61,2100
1.53-1.5611.10.18811.11,2100
1.56-1.611.20.16113.11,2100
1.6-1.6311.20.14114.61,2100
1.63-1.6711.30.11818.61,2100
1.67-1.7211.30.10121.31,2100
1.72-1.7711.50.09122.31,2100
1.77-1.8311.50.07725.61,2100
1.83-1.8911.50.06926.21,2100
1.89-1.9711.60.0629.21,2100
1.97-2.0611.80.05433.21,2100
2.06-2.1711.70.04938.21,2100
2.17-2.311.80.04538.51,2100
2.3-2.4811.80.0439.21,299.9
2.48-2.7311.90.038451,2100
2.73-3.1211.70.03444.71,299.9
3.12-3.9411.60.02851.71,2100
3.94-5011.80.02348.71,299.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→20.645 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 1567 10.24 %RANDOM
Rwork0.2134 ---
obs0.2166 15310 99.96 %-
all-15410 --
溶媒の処理減衰半径: 0.04 Å / VDWプローブ半径: 0.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.939 Å2 / ksol: 0.409 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.0013 Å20 Å2-0 Å2
2---1.5114 Å20 Å2
3----1.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20.645 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数783 0 3 123 909
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02805
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7661083
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.56305
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045117
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003141
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.54840.25611240.2321245X-RAY DIFFRACTION100
1.5484-1.60370.26721460.20821215X-RAY DIFFRACTION100
1.6037-1.66790.25031390.19791219X-RAY DIFFRACTION100
1.6679-1.74380.231410.20991226X-RAY DIFFRACTION100
1.7438-1.83570.24251440.21921242X-RAY DIFFRACTION100
1.8357-1.95060.24671540.21951212X-RAY DIFFRACTION100
1.9506-2.10110.27011550.22341237X-RAY DIFFRACTION100
2.1011-2.31230.26311320.221255X-RAY DIFFRACTION100
2.3123-2.64630.23541350.22431256X-RAY DIFFRACTION100
2.6463-3.33170.2711430.22361283X-RAY DIFFRACTION100
3.3317-20.64710.21251540.19711353X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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