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Yorodumi- PDB-4ewf: The crystal structure of beta-lactamase from Sphaerobacter thermo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ewf | ||||||
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Title | The crystal structure of beta-lactamase from Sphaerobacter thermophilus DSM 20745 | ||||||
Components | Beta-lactamase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / ABA-sandwich / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / PSI-Biology / cytoplasmic | ||||||
Function / homology | Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ACETIC ACID / Beta-lactamase Function and homology information | ||||||
Biological species | Sphaerobacter thermophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The crystal structure of beta-lactamase from Sphaerobacter thermophilus DSM 20745 Authors: Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ewf.cif.gz | 398.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ewf.ent.gz | 341.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ewf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/4ewf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/4ewf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN. |
-Components
#1: Protein | Mass: 29090.801 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sphaerobacter thermophilus (bacteria) / Strain: DSM 20745 / Gene: Sthe_2032 / Plasmid: PMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 MAGIC / References: UniProt: D1C5R0 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-ACY / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.1M Bis-Tris Propane, NaOH pH 7.0 1.5 M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97924 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 1, 2010 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111, channel / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97924 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. all: 84422 / Num. obs: 84422 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.3 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 10.5 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.84 / Rsym value: 0.682 / % possible all: 98.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2→45.328 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.52 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.521 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→45.328 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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