+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ew5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | C-terminal domain of inner membrane protein CigR from Salmonella enterica. | ||||||
要素 | CigR Protein | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / inner membrane protein / structural genomics (構造ゲノミクス) / APC101781 / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins / PCSEP | ||||||
機能・相同性 | inner membrane protein cigr / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / membrane => GO:0016020 / Roll / Alpha Beta / CigR 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.87 Å | ||||||
データ登録者 | Osipiuk, J. / Xu, X. / Cui, H. / Brown, R.N. / Cort, J.R. / Heffron, F. / Nakayasu, E.S. / Niemann, G.S. / Merkley, E.D. / Savchenko, A. ...Osipiuk, J. / Xu, X. / Cui, H. / Brown, R.N. / Cort, J.R. / Heffron, F. / Nakayasu, E.S. / Niemann, G.S. / Merkley, E.D. / Savchenko, A. / Adkins, J.N. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins (PCSEP) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: C-terminal domain of inner membrane protein CigR from Salmonella enterica. 著者: Osipiuk, J. / Xu, X. / Cui, H. / Brown, R.N. / Cort, J.R. / Heffron, F. / Nakayasu, E.S. / Niemann, G.S. / Merkley, E.D. / Savchenko, A. / Adkins, J.N. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ew5.cif.gz | 87.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4ew5.ent.gz | 71.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ew5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/4ew5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/4ew5 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10894.444 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / 遺伝子: cigR, STM3762 / プラスミド: pET21b-L No TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Z621 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Hepes buffer, 2% PEG-400, 2M Ammonium sulphate. Full length protein was crystallized in presence of V8 protease., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月19日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.87→41.4 Å / Num. all: 17270 / Num. obs: 17270 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 36.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Χ2: 2.551 / Net I/σ(I): 8.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.87→41.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 5.798 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 75.97 Å2 / Biso mean: 31.4572 Å2 / Biso min: 17.03 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→41.4 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.872→1.92 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|