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万見
- PDB-4evd: Crystal Structure HP-NAP from strain YS29 cadmium loaded (Cocryst... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4evd
タイトルCrystal Structure HP-NAP from strain YS29 cadmium loaded (Cocrystallization 50mM)
要素Neutrophil-activating protein
キーワードMETAL TRANSPORT / dodecamer / four-helix bundle (ヘリックスバンドル)
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferric iron binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA polymerase III subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yokoyama, H. / Tsuruta, O. / Akao, N. / Fujii, S.
引用
ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of Helicobacter pylori neutrophil-activating protein with a di-nuclear ferroxidase center in a zinc or cadmium-bound form
著者: Yokoyama, H. / Tsuruta, O. / Akao, N. / Fujii, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: A new crystal lattice structure of Helicobacter pylori neutrophil-activating protein (HP-NAP)
著者: Tsuruta, O. / Yokoyama, H. / Fujii, S.
履歴
登録2012年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil-activating protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,90517
ポリマ－19,1071
非ポリマー1,79916
水1,53185
1
A: Neutrophil-activating protein
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,864204
ポリマ－229,28112
非ポリマー21,583192
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation28_555x,-y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation30_555z,-x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation35_555y,-z+1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation51_555-x+1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation56_555-z+1/2,x,-y+1/21
crystal symmetry operation58_555-y+1/2,z,-x+1/21
crystal symmetry operation74_555-x+1/2,-y+1/2,z1
crystal symmetry operation79_555-z+1/2,-x+1/2,y1
crystal symmetry operation84_555-y+1/2,-z+1/2,x1
Buried area34660 Å2
ΔGint-274 kcal/mol
Surface area61090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.412, 187.412, 187.412
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number209
Space group name H-MF432

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要素

#1: タンパク質 Neutrophil-activating protein


分子量: 19106.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: YS29 / 遺伝子: napA / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G1UIZ2
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50mM cadmium sulfate, 1.0M sodium acetate, 0.1M HEPES-NaOH, 0.1M L-Arginine, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 14790 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 38.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0088精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TA8

3ta8


解像度: 2.2→19.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 4.168 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1486 10.1 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.2155 14722 99.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 52.5 Å2 / Biso mean: 24.2293 Å2 / Biso min: 11.94 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1186 0 16 85 1287
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221212
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9611.9371632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6845142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.73225.4161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.73815233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.22152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02894
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3251.5713
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.68521153
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1113499
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9644.5479
LS精密化 シェル解像度: 2.201→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 103 -
Rwork0.262 948 -
all-1051 -
obs--99.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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