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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4eq4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of seleno-methionine derivatized GH3.12 | ||||||
要素 | 4-substituted benzoates-glutamate ligase GH3.12 | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / firefly luciferase family / acyl adenylase / amino acid conjugation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 4-aminobenzoate amino acid synthetase activity / benzoate amino acid synthetase activity / vanillate amino acid synthetase activity / 4-hydroxybenzoate amino acid synthetase activity / salicylic acid mediated signaling pathway / benzoate metabolic process / regulation of systemic acquired resistance / positive regulation of plant-type hypersensitive response / detection of fungus / plant-type hypersensitive response ...4-aminobenzoate amino acid synthetase activity / benzoate amino acid synthetase activity / vanillate amino acid synthetase activity / 4-hydroxybenzoate amino acid synthetase activity / salicylic acid mediated signaling pathway / benzoate metabolic process / regulation of systemic acquired resistance / positive regulation of plant-type hypersensitive response / detection of fungus / plant-type hypersensitive response / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) / defense response / cellular response to hypoxia / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.074 Å | ||||||
データ登録者 | Zubieta, C. / Nanao, M. / Jez, J. / Westfall, C. / Kapp, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2012 タイトル: Structural basis for prereceptor modulation of plant hormones by GH3 proteins. 著者: Westfall, C.S. / Zubieta, C. / Herrmann, J. / Kapp, U. / Nanao, M.H. / Jez, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4eq4.cif.gz | 438.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4eq4.ent.gz | 370.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4eq4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/4eq4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/4eq4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66559.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: GH3.12, GDG1, PBS3, WIN3, At5g13320, T22N19.5, T31B5.140 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9LYU4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.05 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.25M ammonium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月25日 / 詳細: bent collimating mirror and toroid |
放射 | モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.08→60 Å / Num. obs: 134804 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1.9 / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.252 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.08→2.2 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.816 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 97.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.074→56.965 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 25.21 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.27 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.074→56.965 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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