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Yorodumi- PDB-4egw: The structure of the soluble domain of CorA from Methanocaldococc... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4egw | ||||||
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Title | The structure of the soluble domain of CorA from Methanocaldococcus jannaschii | ||||||
Components | Magnesium transport protein CorA | ||||||
Keywords | METAL TRANSPORT / magnesium transporter / magnesium binding / CORA | ||||||
Function / homology | Function and homology information cobalt ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / cobalt ion binding / magnesium ion binding / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Methanocaldococcus jannaschii (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD, molecular replacement / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Guskov, A. / Nordin, N. / Reynaud, A. / Engman, H. / Lundback, A.-K. / Jong, A.J.O. / Cornvik, T. / Phua, T. / Eshaghi, S. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2012 Title: Structural insights into the mechanisms of Mg2+ uptake, transport, and gating by CorA Authors: Guskov, A. / Nordin, N. / Reynaud, A. / Engman, H. / Lundback, A.K. / Jong, A.J. / Cornvik, T. / Phua, T. / Eshaghi, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4egw.cif.gz | 228.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4egw.ent.gz | 187.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4egw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4egw_validation.pdf.gz | 498 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4egw_full_validation.pdf.gz | 547.7 KB | Display | |
Data in XML | 4egw_validation.xml.gz | 29.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4egw_validation.cif.gz | 39.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/4egw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/4egw | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 32894.984 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Soluble domain, UNP RESIDUES 1-258 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanocaldococcus jannaschii (archaea) Strain: DSM 2661 / Gene: corA, MJ1033 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q58439 |
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-Non-polymers , 5 types, 128 molecules
#2: Chemical | ChemComp-HEZ / #3: Chemical | ChemComp-BU1 / #4: Chemical | ChemComp-PGO / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 28% PEG 8000, HEPES-MOPS, Alcohol mix, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: BL13C1 / Wavelength: 0.975 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Apr 21, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.975 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Operator: k,h,-l / Fraction: 0.5 |
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 21977 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.61 Å / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD, molecular replacement / Resolution: 2.5→47.692 Å / σ(F): 2.01 / Phase error: 20.45 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 74.293 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→47.692 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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