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- PDB-4egw: The structure of the soluble domain of CorA from Methanocaldococc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4egw
タイトルThe structure of the soluble domain of CorA from Methanocaldococcus jannaschii
要素Magnesium transport protein CorAMagnesium transporter
キーワードMETAL TRANSPORT / magnesium transporter / magnesium binding (マグネシウム) / CORA
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalt ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / cobalt ion binding / magnesium ion binding / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Magnesium transport protein CorA, transmembrane region / CorA soluble domain-like / Magnesium/cobalt transport protein CorA / CorA, cytoplasmic domain / CorA, transmembrane region / Mg2+ transporter protein, CorA-like/Zinc transport protein ZntB / CorA-like Mg2+ transporter protein / Beta Polymerase; domain 2 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle ...Magnesium transport protein CorA, transmembrane region / CorA soluble domain-like / Magnesium/cobalt transport protein CorA / CorA, cytoplasmic domain / CorA, transmembrane region / Mg2+ transporter protein, CorA-like/Zinc transport protein ZntB / CorA-like Mg2+ transporter protein / Beta Polymerase; domain 2 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-ブタンジオール / HEXANE-1,6-DIOL / S-1,2-PROPANEDIOL / Cobalt/magnesium transport protein CorA
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Guskov, A. / Nordin, N. / Reynaud, A. / Engman, H. / Lundback, A.-K. / Jong, A.J.O. / Cornvik, T. / Phua, T. / Eshaghi, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural insights into the mechanisms of Mg2+ uptake, transport, and gating by CorA
著者: Guskov, A. / Nordin, N. / Reynaud, A. / Engman, H. / Lundback, A.K. / Jong, A.J. / Cornvik, T. / Phua, T. / Eshaghi, S.
履歴
登録2012年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Magnesium transport protein CorA
B: Magnesium transport protein CorA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,70134
ポリマ－65,7902
非ポリマー2,91132
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.290, 68.290, 241.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Magnesium transport protein CorA / Magnesium transporter


分子量: 32894.984 Da / 分子数: 2 / 断片: Soluble domain, UNP RESIDUES 1-258 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: DSM 2661 / 遺伝子: corA, MJ1033 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58439

-
非ポリマー , 5種, 128分子

#2: 化合物
ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル / 1,6-Hexanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#3: 化合物
ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル / 1,4-ブタンジオール


分子量: 90.121 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#4: 化合物
ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル / プロパンジオール


分子量: 76.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 28% PEG 8000, HEPES-MOPS, Alcohol mix, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: k,h,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 21977 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Auto-Rickshaw位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.5→47.692 Å / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 20.45 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1949 1099 5 %RANDOM
Rwork0.153 ---
obs0.1531 21977 99.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 74.293 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.692 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4124 0 193 96 4413
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074373
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3435829
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.4521722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084677
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005707
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5011-2.6150.26831380.2079261194
2.615-2.75280.22461370.1951259695
2.7528-2.92520.21891360.1855260395
2.9252-3.1510.211370.1663259095
3.151-3.4680.18891370.1505261695
3.468-3.96950.20691380.1345261695
3.9695-4.99990.15981370.119260595
4.9999-42.29210.20351390.1571262695
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6006-1.4136-0.76363.10010.31673.21590.0070.1513-0.6322-0.32780.2435-0.12170.90580.2772-0.18930.5595-0.04630.01350.2764-0.19630.641720.7166-41.8525-12.6917
21.17382.20870.32685.01830.28122.0465-0.0882-0.2038-0.43520.06670.0270.10460.2484-0.13490.02580.2194-0.09370.09080.1734-0.04890.629123.0957-33.1505-2.3745
37.4089-2.88022.41093.88120.09644.03880.37151.4215-0.7678-1.1292-0.1931-0.15120.4250.8881-0.17220.8504-0.13060.16880.5643-0.18060.651229.3458-34.8714-20.9801
40.9958-0.2011-0.17013.20580.70671.5563-0.0763-0.14780.1717-0.09970.06980.0251-0.20640.02470.00920.1869-0.03320.02070.0856-0.16250.582529.1383-12.3774-8.3838
51.05391.192-0.55842.30520.75632.3076-0.089-0.25510.4702-0.36550.1582-0.3762-0.55810.66740.08350.4069-0.208-0.10640.53470.0230.756249.21782.4366-24.7521
61.70970.66230.31822.33160.11782.2473-0.29790.30860.1872-0.19360.1283-0.0416-0.45160.42890.10270.2986-0.13510.00140.3575-0.07770.689540.9277-2.5841-36.2326
72.18870.4115-0.59182.0256-0.06151.94870.0771-0.3494-0.05120.0685-0.1484-0.22980.111-0.03480.07560.1891-0.032-0.02930.2769-0.14020.476330.3153-14.5558-27.8229
82.49121.26991.73491.7341-0.16872.8682-0.01930.0149-0.4122-0.144-0.0769-0.2790.2783-0.33440.13270.2867-0.05970.030.3049-0.11570.57525.0696-22.9032-31.9525
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 1:37)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 38:109)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 110:133)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 134:250)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESSEQ 1:28)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 29:109)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 110:210)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 211:250)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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