[日本語] English
万見
- PDB-4eef: Crystal structure of the designed inhibitor protein F-HB80.4 in c... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eef
タイトルCrystal structure of the designed inhibitor protein F-HB80.4 in complex with the 1918 influenza virus hemagglutinin.
要素
  • F-HB80.4, DESIGNED HEMAGGLUTININ BINDING PROTEIN
  • Hemagglutinin HA1 chain
  • Hemagglutinin HA2 chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/INHIBITOR (免疫系) / immunoglobulin (抗体) / hemagglutinin (ヘマグルチニン) / Fusion of virus membrane with host membrane / membrane fusion / Sialic acid (シアル酸) / Virion (ウイルス) / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Homeodomain-like / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Homeodomain-like / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / リボン / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Artificial Gene (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.704 Å
データ登録者Dreyfus, C. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2012
タイトル: Optimization of affinity, specificity and function of designed influenza inhibitors using deep sequencing.
著者: Whitehead, T.A. / Chevalier, A. / Song, Y. / Dreyfus, C. / Fleishman, S.J. / De Mattos, C. / Myers, C.A. / Kamisetty, H. / Blair, P. / Wilson, I.A. / Baker, D.
履歴
登録2012年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
C: Hemagglutinin HA1 chain
D: Hemagglutinin HA2 chain
E: Hemagglutinin HA1 chain
F: Hemagglutinin HA2 chain
G: F-HB80.4, DESIGNED HEMAGGLUTININ BINDING PROTEIN
H: F-HB80.4, DESIGNED HEMAGGLUTININ BINDING PROTEIN
I: F-HB80.4, DESIGNED HEMAGGLUTININ BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,73412
ポリマ－196,9749
非ポリマー1,7603
水2,504139
1
A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
G: F-HB80.4, DESIGNED HEMAGGLUTININ BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2454
ポリマ－65,6583
非ポリマー5871
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7550 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area27090 Å2
手法PISA
2
C: Hemagglutinin HA1 chain
D: Hemagglutinin HA2 chain
H: F-HB80.4, DESIGNED HEMAGGLUTININ BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2454
ポリマ－65,6583
非ポリマー5871
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7670 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area26690 Å2
手法PISA
3
E: Hemagglutinin HA1 chain
F: Hemagglutinin HA2 chain
I: F-HB80.4, DESIGNED HEMAGGLUTININ BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2454
ポリマ－65,6583
非ポリマー5871
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7420 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area26800 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35760 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area67450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.333, 126.151, 243.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1 chain / Hemagglutinin HA1 chain


分子量: 36452.797 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/SOUTH CAROLINA/1/1918 (H1N1) / 遺伝子: HA, hemagglutinin / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): HIGH FIVE / 参照: UniProt: Q9WFX3
#2: タンパク質 Hemagglutinin HA2 chain / Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 20394.445 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/SOUTH CAROLINA/1/1918 (H1N1) / 遺伝子: HA, hemagglutinin / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): HIGH FIVE / 参照: UniProt: Q9WFX3
#3: タンパク質 F-HB80.4, DESIGNED HEMAGGLUTININ BINDING PROTEIN


分子量: 8810.759 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Artificial Gene (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2 (BL21/DE3)
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16% PEG3350, and 100mM Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 70 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03326 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月17日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03326 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 58197 / Num. obs: 58197 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
XPREPデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.704→43.673 Å / SU ML: 0.85 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 2939 5.06 %Random
Rwork0.2286 ---
all0.2314 58120 --
obs0.2314 58120 94.06 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.165 Å2 / ksol: 0.294 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.7078 Å2-0 Å20 Å2
2---1.6512 Å2-0 Å2
3---14.359 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.704→43.673 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12589 0 117 139 12845
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00913063
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34417731
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.8774696
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0931938
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072299
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.704-2.74860.41921090.31332184X-RAY DIFFRACTION79
2.7486-2.7960.33421310.29412435X-RAY DIFFRACTION88
2.796-2.84680.34891460.28852535X-RAY DIFFRACTION94
2.8468-2.90150.34331410.27492581X-RAY DIFFRACTION93
2.9015-2.96080.32631570.26952529X-RAY DIFFRACTION93
2.9608-3.02510.39081380.2712565X-RAY DIFFRACTION92
3.0251-3.09550.31331240.26112554X-RAY DIFFRACTION92
3.0955-3.17290.34921270.25552565X-RAY DIFFRACTION93
3.1729-3.25860.3381350.25662578X-RAY DIFFRACTION93
3.2586-3.35450.34371520.24272541X-RAY DIFFRACTION93
3.3545-3.46270.33031150.25112588X-RAY DIFFRACTION92
3.4627-3.58640.29811510.23082555X-RAY DIFFRACTION93
3.5864-3.72990.27031530.23212576X-RAY DIFFRACTION93
3.7299-3.89960.28951520.22422615X-RAY DIFFRACTION95
3.8996-4.1050.26221540.20442724X-RAY DIFFRACTION97
4.105-4.3620.2651310.19452806X-RAY DIFFRACTION99
4.362-4.69840.21911430.18242805X-RAY DIFFRACTION100
4.6984-5.17060.25771390.1942854X-RAY DIFFRACTION100
5.1706-5.91720.27371350.22582836X-RAY DIFFRACTION100
5.9172-7.44910.27351530.23842886X-RAY DIFFRACTION100
7.4491-43.67910.261530.23542869X-RAY DIFFRACTION95

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る