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万見
- PDB-4ec6: Ntf2-like, potential transfer protein TraM from Gram-positive con... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ec6
タイトルNtf2-like, potential transfer protein TraM from Gram-positive conjugative plasmid pIP501
要素Putative uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Gram-positive / conjugation / NTF2-like
機能・相同性Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #540 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / membrane => GO:0016020 / Roll / Alpha Beta / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Goessweiner-Mohr, N. / Grumet, L. / Pavkov-Keller, T. / Wang, M. / Keller, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: The 2.5 A Structure of the Enterococcus Conjugation Protein TraM resembles VirB8 Type IV Secretion Proteins.
著者: Goessweiner-Mohr, N. / Grumet, L. / Arends, K. / Pavkov-Keller, T. / Gruber, C.C. / Gruber, K. / Birner-Gruenberger, R. / Kropec-Huebner, A. / Huebner, J. / Grohmann, E. / Keller, W.
履歴
登録2012年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 1.22013年2月6日Group: Database references

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative uncharacterized protein
D: Putative uncharacterized protein
E: Putative uncharacterized protein
F: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,1126
ポリマ－114,1126
非ポリマー00
水7,188399
1
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0563
ポリマ－57,0563
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Putative uncharacterized protein
E: Putative uncharacterized protein
F: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0563
ポリマ－57,0563
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0191
ポリマ－19,0191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
B: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0191
ポリマ－19,0191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
C: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0191
ポリマ－19,0191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
D: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0191
ポリマ－19,0191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
E: Putative uncharacterized protein
F: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0372
ポリマ－38,0372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
E: Putative uncharacterized protein
F: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0372
ポリマ－38,0372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.210, 54.980, 93.470
Angle α, β, γ (deg.)89.91, 86.44, 78.63
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A214 - 322
2010B214 - 322
1020A214 - 322
2020C214 - 322
1030A214 - 322
2030D214 - 322
1040A214 - 322
2040E214 - 322
1050A214 - 322
2050F214 - 322
1060B214 - 322
2060C214 - 322
1070B214 - 322
2070D214 - 322
1080B214 - 322
2080E214 - 322
1090B214 - 322
2090F214 - 322
10100C214 - 322
20100D214 - 322
10110C214 - 322
20110E214 - 322
10120C214 - 322
20120F214 - 322
10130D214 - 322
20130E214 - 322
10140D214 - 322
20140F214 - 322
10150E214 - 322
20150F214 - 322

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

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要素

#1: タンパク質
Putative uncharacterized protein


分子量: 19018.723 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP Residues 214-322 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / プラスミド: pQTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8L1C7
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7.33
詳細: 1 mg/ml protein, 16.5% PEG 3350 (final concentration in drop v/v), 0.1 M Hepes, pH 7.33, microbatch under oil, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月29日
詳細: toroidal mirror (M2) to vertically and horizontally focus the beam at the sample position (with 2:1 horizontal demagnification)
放射モノクロメーター: BARTELS MONOCROMATOR / プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 52900 / Num. obs: 25885 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 14.91
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.5-2.60.484.05197.7
2.6-2.70.3745.45197.9
2.7-2.790.3355.98197.9
2.79-2.890.2787.26198.2
2.89-30.2149.11198
3-3.120.15411.98198.2
3.12-3.260.13613.61198.6
3.26-3.420.10217.43198.1
3.42-3.60.09818.66196.3
3.6-3.820.08721.77198.4
3.82-4.090.08920.58190.8
4.09-4.410.08323.02192.4
4.41-4.830.05926.95198.9
4.83-5.40.05726.51199.1
5.4-6.240.06224.67199.2
6.24-7.640.06124.85199
7.64-10.80.03339.2199
10.8-500.02651.73198.8

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dmFOM : 0.36 / FOM acentric: 0.36 / FOM centric: 0 / 反射: 25883 / Reflection acentric: 25883 / Reflection centric: 0
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentric反射Reflection acentric
7.1-46.80.690.6911311131
4.5-7.10.60.634893489
3.6-4.50.550.5542064206
3.1-3.60.420.4244224422
2.7-3.10.220.2277897789
2.5-2.70.120.1248464846

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SOLVE2.13位相決定
RESOLVE2.15位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→46.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 9.8 / SU ML: 0.22 / SU R Cruickshank DPI: 1.1139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.114 / ESU R Free: 0.325
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26109 1295 5 %RANDOM
Rwork0.20921 ---
obs0.2118 24589 97.87 %-
all-52900 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.803 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.04 Å2-0.92 Å20.8 Å2
2---0.52 Å2-0.04 Å2
3----1.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5412 0 0 399 5811
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.025526
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7621.9547446
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1395648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.36925276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.855151002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.121518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2798
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT POSITIONAL / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A1380.1
12B1380.1
21A1340.13
22C1340.13
31A1280.14
32D1280.14
41A1370.11
42E1370.11
51A1290.14
52F1290.14
61B1340.1
62C1340.1
71B1320.11
72D1320.11
81B1380.09
82E1380.09
91B1330.15
92F1330.15
101C1260.17
102D1260.17
111C1400.14
112E1400.14
121C1290.17
122F1290.17
131D1310.19
132E1310.19
141D1300.15
142F1300.15
151E1350.17
152F1350.17
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 96 -
Rwork0.265 1816 -
obs--97.9 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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