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Yorodumi- PDB-4ebe: Conformationally Restrained North-methanocarba-2'-deoxyadenosine ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ebe | ||||||
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Title | Conformationally Restrained North-methanocarba-2'-deoxyadenosine Corrects the Error-Prone Nature of Human DNA Polymerase Iota | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/DNA / polymerase / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear speck ...translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear speck / DNA repair / nucleoplasm / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Eoff, R.L. / Ketkar, A. / Banerjee, S. | ||||||
Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2012 Title: A Nucleotide-Analogue-Induced Gain of Function Corrects the Error-Prone Nature of Human DNA Polymerase iota. Authors: Ketkar, A. / Zafar, M.K. / Banerjee, S. / Marquez, V.E. / Egli, M. / Eoff, R.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ebe.cif.gz | 196.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ebe.ent.gz | 154.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ebe.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/4ebe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/4ebe | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4ebcC 4ebdC 3gv5S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 47027.344 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 26-445 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: POLI, RAD30B / Plasmid: pBG101 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9UNA4, DNA-directed DNA polymerase |
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-DNA chain , 2 types, 2 molecules PT
#2: DNA chain | Mass: 2091.414 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: 7-mer primer DNA |
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#3: DNA chain | Mass: 2722.784 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: 9-mer template DNA |
-Non-polymers , 4 types, 303 molecules
#4: Chemical | ChemComp-DTP / | ||||
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#5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.9 Details: 20 mM Tris-HCl, pH 7.9, 5% glycerol, 10 mM 2-mercaptoethanol, 150 mM calcium chloride, 10% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 9, 2011 |
Radiation | Monochromator: Si(220) side bounce / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→85.072 Å / Num. obs: 34416 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 34.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 24.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.18 Å / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.617 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 3340 / % possible all: 86 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3GV5 Resolution: 2.1→44.173 Å / SU ML: 0.27 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 1 / Phase error: 27.03 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.407 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36.3 Å2
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Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.3022 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→44.173 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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