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万見
- PDB-4e1f: Structure of a VgrG Vibrio cholerae toxin ACD domain Glu16Gln mut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e1f
タイトルStructure of a VgrG Vibrio cholerae toxin ACD domain Glu16Gln mutant in complex with ADP and Mn++
要素VgrG protein
キーワードTOXIN (毒素) / alpha/beta protein / G-actin cross-linking toxin / G-actin (substrate)
機能・相同性
機能・相同性情報


isopeptide cross-linking via N6-(L-isoglutamyl)-L-lysine / isopeptide cross-linking / acid-amino acid ligase activity / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / actin filament depolymerization / host cell cytosol / toxin activity / host cell cytoplasm / magnesium ion binding / extracellular region / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Actin cross-linking domain / TerB-like / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking (ACD) domain profile. / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / Phage tail baseplate hub (GPD) / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain ...Actin cross-linking domain / TerB-like / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking (ACD) domain profile. / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / Phage tail baseplate hub (GPD) / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain / Vgr protein, OB-fold domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Actin cross-linking toxin VgrG1 / Actin cross-linking toxin VgrG1
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Durand, E. / Audoly, G. / Derrez, E. / Spinelli, S. / Ortiz-Lombardia, M. / Cascales, E. / Raoult, D. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure and functional characterization of the Vibrio cholerae toxin from the VgrG/MARTX family.
著者: Durand, E. / Audoly, G. / Derrez, E. / Spinelli, S. / Ortiz-Lombardia, M. / Cascales, E. / Raoult, D. / Cambillau, C.
履歴
登録2012年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VgrG protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,89610
ポリマ－43,7411
非ポリマー1,1559
水8,503472
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: VgrG protein
ヘテロ分子

A: VgrG protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,79220
ポリマ－87,4822
非ポリマー2,30918
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_664-y+1,-x+1,-z-1/41
Buried area6720 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area30400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.130, 129.130, 77.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 VgrG protein


分子量: 43741.230 Da / 分子数: 1 / 断片: Vibrio cholerae VgrG1 ACD (unp residues 716-1111) / 変異: E16Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: O395 / 遺伝子: VC_1416, VgrG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9KS45, UniProt: A0A0H3AIG7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 300 nL of protein at 13mg/mL, 100 nL of 2.4 M AmSO4, 0.1 M Bi-Tris, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年2月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 72859 / Num. obs: 72859 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 27.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 0.363
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.281 / Mean I/σ(I) obs: 10.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4E1D

4e1d


解像度: 2.1→46.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9331 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU R Cruickshank DPI: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1882 1210 3.14 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.1735 38592 99.96 %-
all-38592 --
原子変位パラメータBiso mean: 29.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7917 Å20 Å20 Å2
2---2.7917 Å20 Å2
3---5.5835 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.234 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2753 0 63 472 3288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012885HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.13930HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d982SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes79HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes419HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2885HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.27
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion0384SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3554SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2264 93 3.15 %
Rwork0.1914 2858 -
all0.1925 2951 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2710.11340.11330-0.272600.0019-0.0032-0.00720.00270.0016-0.01190.0058-0.0062-0.0035-0.0261-0.02130.02230.02910.0178-0.013834.53589.537116.5599
21.33180.4477-0.319400.19940.17490.0041-0.0104-0.0115-0.0049-0.00570.01030.006-0.00550.0015-0.0296-0.00990.01950.04660.0182-0.019546.386490.3376.336
30.39110.24220.17030.03290.34120.43850.0010.0085-0.0137-0.01290.008-0.00110.0089-0.0035-0.009-0.044-0.0060.00810.0451-0.02350.006155.50488.1814-7.2006
40.45290.17870.6030.1999-0.00120.70110.0004-0.02360.01140.0153-0.0141-0.00340.0042-0.02940.0136-0.0492-0.04030.01360.04260.0005-0.0246.705898.81811.3013
50.93220.1192-0.004400.28680.0537-0.0024-0.0229-0.0049-0.00630.0003-0.00370.00470.00660.0021-0.0281-0.00730.01040.05560.0072-0.021754.345693.43989.5016
60.08580.27250.45460.2234-0.21340.4737-0.0011-0.00990.0197-0.0161-0.00790.0024-0.0219-0.01240.009-0.0369-0.00840.0320.02280.0079-0.00440.981999.35342.8013
70.74410.0201-0.308600.07040.45530.002-0.00750.00760.00730.00910.005-0.0129-0.006-0.0111-0.10050.0310.02520.1227-0.021-0.02599.422291.707413.1352
81.25120.24720.65770.0493-0.28040.05190.0034-0.03280.0018-0.007-0.00450.00060.0014-0.01110.001-0.10330.0022-0.0110.08470.0068-0.00212.56885.97423.998
91.12890.0987-0.51290.019-0.25370.4781-0.0063-0.00370.0029-0.01580.0082-0.00420.0149-0.0028-0.002-0.04170.00130.00040.06550.0254-0.033520.832886.0856-7.0622
101.5086-0.1538-0.4980-0.17760.94360.005-0.0089-0.03810.0112-0.0138-0.00330.0088-0.02360.0088-0.1309-0.0536-0.02720.1140.03670.005812.060178.64334.7468
110.61950.24010.17490.101-0.22850.09760.0052-0.0105-0.00450.0029-0.0006-0.01130.0007-0.0118-0.0046-0.0389-0.0329-0.01010.05910.0252-0.022726.34887.007315.8391
120.00350.04610.05450.04720.11170.08020.0004-0.00030.0034-0.0021-0.00090.0011-0.00570.00070.0004-0.0095-0.00210.00990.0221-0.01980.000832.4123105.03810.6074
130.04810.03980.040400.02060.01120.0005-0.0004-0.0008-0.0035-0.0007-0.00110.0008-0.00030.0002-0.0068-0.0086-0.01490.0087-0.0023-0.001133.784288.82929.9572
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|0 - A|17 }A0 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|18 - A|53 }A18 - 53
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|54 - A|78 }A54 - 78
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|79 - A|116 }A79 - 116
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|117 - A|143 }A117 - 143
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|144 - A|170 }A144 - 170
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|171 - A|206 }A171 - 206
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|207 - A|236 }A207 - 236
9X-RAY DIFFRACTION9{ A|237 - A|269 }A237 - 269
10X-RAY DIFFRACTION10{ A|270 - A|319 }A270 - 319
11X-RAY DIFFRACTION11{ A|320 - A|343 }A320 - 343
12X-RAY DIFFRACTION12{ A|344 - A|354 }A344 - 354
13X-RAY DIFFRACTION13{ A|401 - A|401 }A401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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