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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dzr | ||||||
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タイトル | The crystal structure of protein-(glutamine-N5) methyltransferase (release factor-specific) from Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 | ||||||
要素 | Protein-(Glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptide chain release factor N5-glutamine methyltransferase / protein-(glutamine-N5) methyltransferase activity / protein-glutamine N-methyltransferase activity / peptidyl-glutamine methylation / nucleic acid binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.551 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, K. / Chhor, G. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of protein-(glutamine-N5) methyltransferase (release factor-specific) from Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 著者: Tan, K. / Chhor, G. / Bearden, J. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4dzr.cif.gz | 76.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4dzr.ent.gz | 61.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4dzr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/4dzr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/4dzr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | Experimentally unknown. It is predicted the molecule is a monomer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23795.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 (バクテリア) 株: subsp. acidocaldarius DSM 446 / 遺伝子: Aaci_2779 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: C8WUG7 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE AUTHORS STATE THAT THE EXPRESSED PROTEIN WAS A FULL LENGTH PROTEIN WITH SEQUENCE: SNA(MSE) ...THE AUTHORS STATE THAT THE EXPRESSED PROTEIN WAS A FULL LENGTH PROTEIN WITH SEQUENCE: SNA(MSE)SEAKYFVARL |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.85 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M calcium acetate hydrate, pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350, 0.0125mg/ml Trypsin, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931, 0.97948 | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月16日 / 詳細: mirror | |||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.55→31 Å / Num. all: 8235 / Num. obs: 8235 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 28.8 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 403 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.551→30.883 Å / SU ML: 0.82 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.26 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.155 Å2 / ksol: 0.314 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.551→30.883 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 7.241 Å / Origin y: 14.54 Å / Origin z: 15.4956 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain A |