+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dy9 | ||||||
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Title | Leishmania major Peroxidase is a Cytochrome c Peroxidase | ||||||
Components | Cytochrome c | ||||||
Keywords | ELECTRON TRANSPORT / Alpha Helical Bundle / heme protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Leishmania major (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.082 Å | ||||||
Authors | Jasion, V.S. / Poulos, T.L. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2012 Title: Leishmania major Peroxidase Is a Cytochrome c Peroxidase. Authors: Jasion, V.S. / Poulos, T.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4dy9.cif.gz | 57.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4dy9.ent.gz | 41.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4dy9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/4dy9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/4dy9 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 12206.072 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Leishmania major (eukaryote) / Gene: LMJF_16_1310, LMJF_16_1320 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q4QEN5 |
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#2: Chemical | ChemComp-HEM / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 39.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.4 Details: PEG 2K MME, Potassium Bromide, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.54 Å |
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Jun 24, 2011 |
Radiation | Monochromator: VariMax Optic / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.08→36.3 Å / Num. all: 11498 / Num. obs: 6330 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 64.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.08→2.12 Å / Redundancy: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 38.6 / Num. unique all: 534 / Rsym value: 0.068 / % possible all: 97.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: yeast cytochrome c Resolution: 2.082→22 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.66 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.572 Å2 / ksol: 0.398 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.082→22 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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