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Yorodumi- PDB-4dy5: Crystal structure of Salmonella Typhimurium PliG, a periplasmic l... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dy5 | ||||||
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Title | Crystal structure of Salmonella Typhimurium PliG, a periplasmic lysozyme inhibitor of g-type lysozyme | ||||||
Components | Gifsy-1 prophage protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE INHIBITOR / lysozyme inhibitor / g-type lysozyme binding | ||||||
Function / homology | Jelly Rolls - #380 / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial / Bacterial pre-peptidase C-terminal domain / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / Gifsy-1 prophage protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.78 Å | ||||||
Authors | Leysen, S. / Theuwis, V. / Vanderkelen, L. / Michiels, C.W. / Strelkov, S.V. | ||||||
Citation | Journal: J.Struct.Biol. / Year: 2012 Title: Structural characterization of the PliG lysozyme inhibitor family. Authors: Leysen, S. / Vanderkelen, L. / Van Asten, K. / Vanheuverzwijn, S. / Theuwis, V. / Michiels, C.W. / Strelkov, S.V. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4dy5.cif.gz | 152.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4dy5.ent.gz | 122.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4dy5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/4dy5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/4dy5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 12398.679 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 23-133 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) Gene: STM2610 / Plasmid: pETHSUL / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21(DE3) / References: UniProt: Q8ZMZ1 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.1M HEPES pH7.5, 20% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.54 Å |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Mar 24, 2011 |
Radiation | Monochromator: mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.78→19.79 Å / Num. all: 38815 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.9 % / Rsym value: 3.9 / Net I/σ(I): 13.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.78→1.88 Å / Redundancy: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 35.1 / % possible all: 92.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.78→19.603 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.14 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.443 Å2 / ksol: 0.387 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.78→19.603 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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