+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dt5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of Rhagium inquisitor Antifreeze Protein | ||||||
Components | Antifreeze protein | ||||||
Keywords | ANTIFREEZE PROTEIN | ||||||
Function / homology | Alkaline Protease, subunit P, domain 1 - #20 / 2 Solenoid / Alkaline Protease, subunit P, domain 1 / Mainly Beta / Antifreeze protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Rhagium inquisitor (beetle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / AB INITIO PHASING / Resolution: 1.15 Å | ||||||
Authors | Meng, W. / Nguyen, J.B. / Hakim, A. / Thakral, D. / Zhu, D.F. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2013 Title: Crystal structure of an insect antifreeze protein and its implications for ice binding. Authors: Hakim, A. / Nguyen, J.B. / Basu, K. / Zhu, D.F. / Thakral, D. / Davies, P.L. / Isaacs, F.J. / Modis, Y. / Meng, W. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4dt5.cif.gz | 114.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4dt5.ent.gz | 93.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4dt5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/4dt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/4dt5 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
| |||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
|
-Components
#1: Protein | Mass: 13688.539 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhagium inquisitor (beetle) / Gene: afp-h4 / Plasmid: pSB1AK8 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: E5LR38 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.63 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: evaporation / pH: 4 Details: 24% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, pH 4.0, EVAPORATION, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X25 / Wavelength: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 16, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.15→27.79 Å / Num. all: 334114 / Num. obs: 234706 / % possible obs: 70.2 % / Observed criterion σ(F): 1.45 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 8.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: AB INITIO PHASING / Resolution: 1.15→40.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 0.941 / SU ML: 0.02 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.035 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.7 Å / Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1.3 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 9.971 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.15→40.27 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 5991 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.15 Å / Weight position: 0.05
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.147→1.177 Å / Total num. of bins used: 20
|