+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ds2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Ubiquitin conjugating enzyme (putative) from Trypanosoma cruzi | ||||||
Components | Ubiquitin-conjugating enzyme E2, putative | ||||||
Keywords | LIGASE / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP / UBCc superfamily | ||||||
Function / homology | Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, putative Function and homology information | ||||||
Biological species | Trypanosoma cruzi (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.63 Å | ||||||
Authors | Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Ubiquitin conjugating enzyme (putative) from Trypanosoma cruzi Authors: Merritt, E.A. / Arakaki, T. / Napuli, A. / Van Voorhis, W.C. / Buckner, F.S. / Fan, E. / Zucker, F. / Verlinde, L.M.J. / Kim, J. / Hol, W.G.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ds2.cif.gz | 136.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4ds2.ent.gz | 109.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ds2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/4ds2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/4ds2 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Similar structure data | |
---|---|
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 1 - 159 / Label seq-ID: 5 - 163
|
-Components
#1: Protein | Mass: 18728.883 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: cleaved / Source: (gene. exp.) Trypanosoma cruzi (eukaryote) / Gene: Tc00.1047053506635.90, TcCLB.506635.90 / Plasmid: AVA0421 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q4DIQ3 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.07 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion / pH: 4 Details: Crystallization buffer: 100 mM KH2PO4, 50 mM Sodium Citrate pH 4.0, 4% PEG 20000, 2% PEG 400. Protein buffer: 20 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl, 2 mM DTT, 5% glycerol. Cryo: ethylene glycol, ...Details: Crystallization buffer: 100 mM KH2PO4, 50 mM Sodium Citrate pH 4.0, 4% PEG 20000, 2% PEG 400. Protein buffer: 20 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl, 2 mM DTT, 5% glycerol. Cryo: ethylene glycol, vapor diffusion, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Mar 11, 2005 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.63→50 Å / Num. obs: 11741 / % possible obs: 89.7 % / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Χ2: 1.042 / Net I/σ(I): 6.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.63→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / WRfactor Rfree: 0.2779 / WRfactor Rwork: 0.2261 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8074 / SU B: 27.522 / SU ML: 0.265 / SU R Cruickshank DPI: 0.9885 / SU Rfree: 0.3589 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.999 / ESU R Free: 0.361 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 119.26 Å2 / Biso mean: 50.1312 Å2 / Biso min: 24.78 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.63→40 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.626→2.694 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|