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- PDB-4dnt: Crystal structure of the CusBA heavy-metal efflux complex from Es... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dnt
タイトルCrystal structure of the CusBA heavy-metal efflux complex from Escherichia coli, mutant
要素
  • Cation efflux system protein CusA
  • Cation efflux system protein CusB
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / beta barrel (Βバレル)
機能・相同性
機能・相同性情報


silver ion transport / silver ion transmembrane transporter activity / plasma membrane copper ion transport / copper ion transmembrane transport / response to silver ion / silver ion transmembrane transport / cell envelope / copper ion transmembrane transporter activity / copper ion export / detoxification of copper ion ...silver ion transport / silver ion transmembrane transporter activity / plasma membrane copper ion transport / copper ion transmembrane transport / response to silver ion / silver ion transmembrane transport / cell envelope / copper ion transmembrane transporter activity / copper ion export / detoxification of copper ion / response to copper ion / xenobiotic transmembrane transporter activity / transition metal ion binding / intracellular copper ion homeostasis / response to toxic substance / outer membrane-bounded periplasmic space / copper ion binding / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #730 / Long alpha hairpin domain of cation efflux system protein, CusB / conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold - #20 / conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold / Heavy metal binding domain / Heavy metal binding domain / Cation efflux system CzcA/CusA/SilA/NccA/HelA/CnrA / Efflux pump adaptor protein, beta barrel domain / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 ...Helix Hairpins - #730 / Long alpha hairpin domain of cation efflux system protein, CusB / conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold - #20 / conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold / Heavy metal binding domain / Heavy metal binding domain / Cation efflux system CzcA/CusA/SilA/NccA/HelA/CnrA / Efflux pump adaptor protein, beta barrel domain / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Helix Hairpins / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Helix non-globular / Special / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cation efflux system protein CusA / Cation efflux system protein CusB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Su, C.-C. / Long, F. / Yu, E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Charged Amino Acids (R83, E567, D617, E625, R669, and K678) of CusA Are Required for Metal Ion Transport in the Cus Efflux System.
著者: Su, C.C. / Long, F. / Lei, H.T. / Bolla, J.R. / Do, S.V. / Rajashankar, K.R. / Yu, E.W.
履歴
登録2012年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月4日Group: Database references
改定 1.22012年9月5日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Cation efflux system protein CusB
C: Cation efflux system protein CusB
A: Cation efflux system protein CusA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,0923
ポリマ－206,0923
非ポリマー00
水34219
1
B: Cation efflux system protein CusB
C: Cation efflux system protein CusB
A: Cation efflux system protein CusA

B: Cation efflux system protein CusB
C: Cation efflux system protein CusB
A: Cation efflux system protein CusA

B: Cation efflux system protein CusB
C: Cation efflux system protein CusB
A: Cation efflux system protein CusA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)618,2769
ポリマ－618,2769
非ポリマー00
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area57490 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area183920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.636, 159.636, 681.098
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Cation efflux system protein CusB


分子量: 45179.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0574, cusA, cusB, JW0563, ylcD / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P77239
#2: タンパク質 Cation efflux system protein CusA


分子量: 115732.883 Da / 分子数: 1 / Mutation: D405A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: cusA, ybdE, b0575, JW0564 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38054
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: PEG3350, NH4SO4, JM600, pH 7, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled double crystal Si(111) monochromator, Triple striped vertical and horizantal focussing mirrors in Kirkpatrick-Baez geometry
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→113.516 Å / Num. all: 61292 / Num. obs: 61292 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.3 % / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
3.1-3.185.50.8720.82472445020.872100
3.18-3.275.50.70912385443640.709100
3.27-3.365.50.5221.42317842310.522100
3.36-3.475.40.4381.42258941500.438100
3.47-3.585.50.3372.12178539890.337100
3.58-3.715.40.2742.62113138910.274100
3.71-3.855.40.233.12024337310.23100
3.85-45.40.1853.71945736130.185100
4-4.185.40.1415.11861034620.141100
4.18-4.385.30.1146.11779833330.114100
4.38-4.625.30.097.61674731560.09100
4.62-4.95.30.088.71595529950.08100
4.9-5.245.20.088.51459228110.0899.9
5.24-5.665.10.08581352426510.08599.8
5.66-6.24.90.1026.41184924130.10299.7
6.2-6.934.60.1016.21034122350.101100
6.93-85.50.0916.41077519610.091100
8-9.85.40.04115.2918016940.041100
9.8-13.865.30.03915.4696213240.039100
13.86-113.5164.60.0428.436407860.04299.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→107.327 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8294 / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2445 2834 5.03 %RANDOM
Rwork0.2191 ---
all0.2203 56385 --
obs0.2203 56385 91.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.979 Å2 / ksol: 0.319 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 308.31 Å2 / Biso mean: 79.9083 Å2 / Biso min: 14.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.3991 Å20 Å2-0 Å2
2--5.3991 Å2-0 Å2
3----10.7981 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→107.327 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12876 0 0 19 12895
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00313122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67517866
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0462128
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8384812
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1-3.15350.35661350.3532249238479
3.1535-3.21080.38091330.33132289242280
3.2108-3.27260.29051160.31372379249582
3.2726-3.33940.30011240.29282434255885
3.3394-3.4120.33071390.29452483262286
3.412-3.49140.31171400.27142524266488
3.4914-3.57870.31320.26562548268089
3.5787-3.67550.28291260.25172638276491
3.6755-3.78360.27031440.24492686283093
3.7836-3.90580.27571160.22982742285894
3.9058-4.04540.24251490.2042709285894
4.0454-4.20730.22651550.18352780293596
4.2073-4.39880.19541460.16762797294396
4.3988-4.63070.1891650.1622816298197
4.6307-4.92090.18231660.15692814298097
4.9209-5.30080.19771470.17342875302298
5.3008-5.83420.23871300.20452896302698
5.8342-6.67830.23921530.21852867302097
6.6783-8.41350.22571670.20172957312499
8.4135-107.3270.24281510.23183068321998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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