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Yorodumi- PDB-4dl0: Crystal Structure of the heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dl0 | ||||||
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Title | Crystal Structure of the heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase | ||||||
Components | (V-type proton ATPase subunit ...) x 3 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / coiled-coil / heterotrimer / peripheral stalk / stator complex / ion transport / Vacuolar ATPase / vacuolar membrane | ||||||
Function / homology | Function and homology information Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / endosomal lumen acidification / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar acidification ...Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / endosomal lumen acidification / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar acidification / fungal-type vacuole membrane / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / Golgi membrane / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD, MOLECULAR REPLACEMENT / SAD / molecular replacement / Resolution: 2.905 Å | ||||||
Authors | Oot, R.A. / Huang, L.S. / Berry, E.A. / Wilkens, S. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2012 Title: Crystal Structure of the Yeast Vacuolar ATPase Heterotrimeric EGC(head) Peripheral Stalk Complex. Authors: Oot, R.A. / Huang, L.S. / Berry, E.A. / Wilkens, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4dl0.cif.gz | 367 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4dl0.ent.gz | 302.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4dl0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/4dl0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/4dl0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-V-type proton ATPase subunit ... , 3 types, 6 molecules ICKGJE
#1: Protein | Mass: 14586.475 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: C subunit head domain, UNP residues 158-277 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: VAT3, VATC, VMA5, YKL080W, YKL410 / Plasmid: pMal c2e / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta2 References: UniProt: P31412, H+-transporting two-sector ATPase #2: Protein | Mass: 13218.298 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: VMA10, YHR039BC, YHR039C-A, YHR039C-B / Plasmid: pMal c2e / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta2 References: UniProt: P48836, H+-transporting two-sector ATPase #3: Protein | Mass: 26508.393 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: O6241, VAT5, VMA4, YOR332W / Plasmid: pMal c2e / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta2 References: UniProt: P22203, H+-transporting two-sector ATPase |
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-Non-polymers , 3 types, 41 molecules
#4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / pH: 6 Details: 0.1 M Lithium Sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M Glycine, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: A1 / Wavelength: 0.9767 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Nov 21, 2011 / Details: MICROBEAM |
Radiation | Monochromator: SI (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9767 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→40 Å / Num. obs: 51697 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 5.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→2.95 Å / Redundancy: 9.7 % / % possible all: 99.4 |
-Phasing
Phasing |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD, MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.905→39.71 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.68 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.853 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.905→39.71 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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