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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dbq | ||||||
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タイトル | MYOSIN VI D179Y (MD-INSERT2-CAM, DELTA-INSERT1) post-rigor state | ||||||
要素 |
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キーワード | motor protein (モータータンパク質) / calcium binding protein (カルシウム結合タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of phospholipase C-activating phototransduction signaling pathway / myosin VI complex / myosin VI head/neck binding / myosin VII complex / photoreceptor cell axon guidance / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / rhabdomere / rhabdomere development / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of smell / myosin V complex ...negative regulation of phospholipase C-activating phototransduction signaling pathway / myosin VI complex / myosin VI head/neck binding / myosin VII complex / photoreceptor cell axon guidance / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / rhabdomere / rhabdomere development / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of smell / myosin V complex / regulation of secretion / autophagic cell death / kinetochore organization / : / actin filament-based movement / G protein-coupled opsin signaling pathway / inner ear auditory receptor cell differentiation / myosin V binding / channel regulator activity / vesicle transport along actin filament / cellular response to ethanol / myosin complex / クラスリン / inner ear morphogenesis / microfilament motor activity / muscle cell cellular homeostasis / myosin heavy chain binding / mitotic spindle pole / filamentous actin / 微絨毛 / cytoskeletal motor activity / centriole replication / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / endocytic vesicle / enzyme regulator activity / クラスリン / ruffle / 中心小体 / filopodium / マイクロフィラメント / actin filament organization / sensory perception of sound / intracellular protein transport / protein localization / ADP binding / 紡錘体 / ruffle membrane / spindle / エンドサイトーシス / actin filament binding / sensory perception of smell / マイクロフィラメント / 細胞皮質 / midbody / cytoplasmic vesicle / 核膜 / calmodulin binding / protein phosphorylation / 中心体 / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Pylypenko, O. / Sweeney, H.L. / Houdusse, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Mutations in myosin VI that cause a loss of coordination between heads provide insights into the structural changes underlying force generation and the importance of gating 著者: Song, L. / Pylypenko, O. / Yang, Z. / Houdusse, A. / Sweeney, L.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4dbq.cif.gz | 207.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4dbq.ent.gz | 158.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4dbq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/4dbq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/4dbq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 89947.562 Da / 分子数: 1 断片: MOTOR DOMAIN-INSERT2, unp F1RQI7 residues 2-277, 304-815 変異: D179Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: MYO6 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: F1RQI7, UniProt: Q29122*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 16825.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P62152 |
-非ポリマー , 6種, 402分子
#3: 化合物 | ChemComp-ADP / | ||||
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#4: 化合物 | ChemComp-BEF / | ||||
#5: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-CA / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.09 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 50 mM Tris pH 8.5, 10% P8K, 1 mM TCEP, 6% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月17日 |
放射 | モノクロメーター: Si III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→19.975 Å / Num. all: 44722 / Num. obs: 44526 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→19.975 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.09 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.734 Å2 / ksol: 0.298 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.975 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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