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- PDB-4d8j: Structure of E. coli MatP-mats complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d8j
タイトルStructure of E. coli MatP-mats complex
要素
  • 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
  • Macrodomain Ter protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / macrodomains / chromosome organization / chromosome condensation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication termination region / chromosome organization / chromosome segregation / sequence-specific DNA binding / 細胞周期 / 細胞分裂 / regulation of DNA-templated transcription / 細胞質
類似検索 - 分子機能
MatP, N-terminal domain / Macrodomain Ter protein, MatP / MatP, N-terminal / MatP, C-terminal ribbon-helix-helix domain / MatP, N-terminal domain superfamily / MatP N-terminal domain / MatP C-terminal ribbon-helix-helix domain / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix ...MatP, N-terminal domain / Macrodomain Ter protein, MatP / MatP, N-terminal / MatP, C-terminal ribbon-helix-helix domain / MatP, N-terminal domain superfamily / MatP N-terminal domain / MatP C-terminal ribbon-helix-helix domain / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Macrodomain Ter protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Dupaigne, P. / Tonthat, N.K. / Espeli, O. / Whitfill, T. / Boccard, F. / Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2012
タイトル: Molecular basis for a protein-mediated DNA-bridging mechanism that functions in condensation of the E. coli chromosome.
著者: Dupaigne, P. / Tonthat, N.K. / Espeli, O. / Whitfill, T. / Boccard, F. / Schumacher, M.A.
履歴
登録2012年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Macrodomain Ter protein
N: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
M: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
A: Macrodomain Ter protein
D: Macrodomain Ter protein
F: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
E: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
C: Macrodomain Ter protein
H: Macrodomain Ter protein
J: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
I: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
G: Macrodomain Ter protein
L: Macrodomain Ter protein
P: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
O: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
K: Macrodomain Ter protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,39816
ポリマ－188,39816
非ポリマー00
水0
1
B: Macrodomain Ter protein
N: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
M: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
A: Macrodomain Ter protein

L: Macrodomain Ter protein
P: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
O: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
K: Macrodomain Ter protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1998
ポリマ－94,1998
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y+1/2,-z+1/21
Buried area10740 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area22730 Å2
2
D: Macrodomain Ter protein
F: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
E: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
C: Macrodomain Ter protein

H: Macrodomain Ter protein
J: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
I: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
G: Macrodomain Ter protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1998
ポリマ－94,1998
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x+1/2,-y,z+1/21
Buried area23100 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area43850 Å2
3
H: Macrodomain Ter protein
J: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
I: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
G: Macrodomain Ter protein

D: Macrodomain Ter protein
F: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
E: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
C: Macrodomain Ter protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1998
ポリマ－94,1998
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x+1/2,-y,z-1/21
Buried area10360 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area22820 Å2
4
L: Macrodomain Ter protein
P: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
O: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
K: Macrodomain Ter protein

B: Macrodomain Ter protein
N: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
M: 5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'
A: Macrodomain Ter protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1998
ポリマ－94,1998
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-x,y-1/2,-z+1/21
Buried area22170 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area44460 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)114.870, 180.100, 184.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Macrodomain Ter protein / Matp


分子量: 17725.408 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: matP, ycbG, b0956, JW0939 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8N0
#2: DNA鎖
5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'


分子量: 5819.784 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: matS strand 1
#3: DNA鎖
5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*A)-3'


分子量: 5828.798 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: mats strand 2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 5% PEG 1000, 0.1 M acetate, pH 5.0, 40% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.02 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月28日
放射モノクロメーター: KHOZU double flat crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.02 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.55→180.1 Å / Num. all: 41400 / Num. obs: 36461 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 3.55→3.77 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.236 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.2 / % possible all: 80.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3VEA

3vea


解像度: 3.55→97.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 21487528.81 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.313 5473 13.2 %RANDOM
Rwork0.299 ---
obs0.299 36461 87.8 %-
all-41327 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 8.31454 Å2 / ksol: 0.2 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 145.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--35.7 Å20 Å20 Å2
2---45.34 Å20 Å2
3---81.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.8 Å0.82 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.72 Å1.85 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.55→97.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9812 3092 0 0 12904
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.09
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.622
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.492
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.182.5
LS精密化 シェル解像度: 3.55→3.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.508 937 13.4 %
Rwork0.522 6050 -
obs--90.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4dna-rna_rep.paramdna-rna.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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